北京航空航天大学EMBA在课程设置上以我国学员的具体需求为导向，将课程分为核心课程和选修课程。

根据全国工商管理硕士教育指导委员会2007年12月18日修订的《关于EMBA培养过程的若干基本要求》，北京航空航天大学EMBA学生必须完成16门(512学时)的课程，其中：核心(必修)课程12门(384学时)，选修课程4门(128学时)，修满共计32个标准学分。

北京航空航天大学EMBA课程强调整合性和决策导向，强调密切联系实际和面向国际竞争环境。借鉴国外和境外大学EMBA项目的课程设置，结合我国的实际情况，北京航空航天大学EMBA课程分为核心(必修)课程和选修课程。

北京航空航天大学EMBA核心(必修)课程包括：战略管理、领导学、管理经济学、财务管理、人力资源管理、组织行为学、营销管理、运营管理、企业社会责任与商业伦理、社会主义经济理论与实践、商务英语与沟通、数据模型与决策等。

北京航空航天大学EMBA选修课程包括：资本运作与企业重组、公司治理、宏观经济与政策、财务报表分析、中国文化与管理、技术创新管理、经济法等。

北京航空航天大学EMBA教育根据EMBA的培养目标并结合高层管理人员在职学习的特点，课程学习方式将采取互动式的课堂讲授、实战性的案例分析和研究、管理专题研讨、实际案例或论文撰写、校内外知名专家、企业家的专题讲座、研讨与探讨型教学等等方式进行。同时，通过拓展训练、讲座、北京航空航天大学EMBA年会、北京航空航天大学EMBA论坛、企业调查等形式积极开展第二课堂教学，全方位扩展学员视野，全面提升学员的实践管理能力。