工程硕士专业学位教育的课程设置，既要保证研究生教育的基本质量规格，又要充分体现专业学位教育的特色。我们认为，专业学位教育的特色，主要体现在以下儿个方面:一是培养目标的定向性和直接现实性，其培养对象是获得学士学位后具有3年以上工程实践经验，经企业组织选拔推荐的技术或管理骨干(软件工程除外)。二是以职业岗位或职业岗位群作为制定培养方案和设置课程的基本依据，以培养适应某个行业或某个系统需要的人才。三是专业学位教育与全日制研究生教育在智育上的显著区别在于理论与实践相互关系及其课程结构的要求有所侧重。工程硕士专业学位在保证基本理论教学要求的基础上，强调工程实践，重在应用知识，不是培养纯理论型、科研型的研究生，而是培养应用型、管理型、复合型的工程技术和工程管理人才。
普遍性与特殊性相统一的原则要求在课程设置方面应充分考虑工程硕士专业学位教育的特殊性，从而增强课程设置的针对性。首先，作为高度同质性的成人群体，由于其生理和心理特征、社会经历、社会角色的相互差异，工程硕士专业学位教育课程设置应着眼于成人特点，采用有针对性的而不是与全日制研究生教育等同的课程构建模式来展开教育活动。其次，专业学位研究生担当的多种社会角色决定了他们的学习以自主性学习为主，而个人社会生活条件的制约，又决定其在学习内容、时问、地点、学习手段等方面要求有较大的选择自由，较少地依从教师、学校的统一安排。
因此，工程硕士专业学位教育的课程设置既要有利于培养研究生的学习能力和可持续学习能力，又要充分考虑到他们的学习方式和生活方式的独立性和现实性，尽可能为其自我发展提供便利。同时，在知识社会中，专业的细化、职业种类的不断增加以及成人个性的进一步自主化，也要求对专业学位教育的课程结构进行相应改变，如扩大选课范围，为研究生提供更为广阔的学习选择空间等。
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