学术型工学硕士论文的选题一般具有一定的理论难度和深度，侧重培养学生科研能力。学术型工学硕士研究生的学位论文主体内容中，一般应包含与论文课题相关的，相对全面的国内外相关理论及其发展综述;对论文课题进行较深入的理论分析、系统设计、方法(算法)设计等;对所提出的理论、设计及方法(算法)进行相应的实验验证或仿真验证;对实验或仿真结果进行详细的定量分析或性能分析，并做充分、客观的比较和评价;对发表学术论文和专利等可以考虑有一定的要求。
工程硕士学位论文选题则最好来源于工程实际、具备应用价值。课题研究内容可以是一个完整的工程技术项目或其中的一部分。要求课题技术背景和任务明确，研究内容清楚，在理论上、技术上和经济上具有可行性、创新性或先进性，在内容、形式和要求上要突出工程与应用特色。论文工作要有一定的技术难度、深度和先进性。论文应有解决工程实际问题的新思想、新方法和新进展，或者具有先进性和实用性的新工艺、新技术、新设计，并具有良好的经济效益和社会效益。 工程硕士的学位论文中应包括:本课题相关技术的国内外发展概况;本课题相关的技术原理、技术要求、系统组成、方案设计等;对所提出设计任务的实现及实验过程介绍，以及相应的实验验证或调试;利用仪器设备或计算机系统对设计和实验结果进行必要的性能分析和功能指标测试。应鼓励优秀的 工程硕士申请专利及软件著作权。
此外 工程硕士的论文工作可以在校内进行，也可以在相关企业进行。在企业进行论文工作的研究生可以在企业完成论文开题、中期检查、论文工作验收和论文撰写等环节， 工程硕士的学位论文应聘请本领域或相近领域的具有应用研究经验的专家进行评阅，答辩委员会中应有来自企业或应用研究部门的同行专家。
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