导师的学术水平、科研能力、综合素质以及对学科前沿的洞察能力、工程实践经历都对研究生有重要影响。双导师制培养模式有利于学生在掌握专业基础知识的同时，获得更充分的工程实践能力提高和各方面综合能力的提高，并且还有利于按照用人单位的实际需要培养人才。我国的工程硕士实行双导师制指导。虽然在以往的工程硕士培养中也实行双导师制，但是这种制度在实施的过程中仍存在一定的问题，因此，必须进一步完善双导师制，使双导师制可以最大程度的发挥作用。主要从以下几个方面进行完善:
(1>建立校外导师遴选制度和管理制度
工程硕士要在企业进行为期半年或一年的实习，在此期间校外导师的指导水平直接影响研究生的培养质量。这种情况下，如何保证企业导师的质量十分需要重视。第一，要注重对校外导师的遴选。一般情况下，一名合格的导师应具备四项基本素质，即有专业技术职务、有稳定的研究方向、有切实的指导能力和熟悉研究生培养规律。校外导师的遴选依照工程实践经验、理论基础、学术水平、研究方向、研究资源的占有量、思想道德素质、指导能力及精力等方面进行考察，挑选符合标准的校外导师。第二，校外导师采取聘任制。学校对符合标准的校外导师颁发聘书。学校对受聘导师要给予岗位津贴。同时设立校外激励系统，例如，设立荣誉奖项等。第三，设立动态考核机制，定期对校外导师进行考核，建立淘汰机制，对不符合要求的导师进行淘汰。
(2)明确校内导师和校外导师的职责
我国在以前的工程硕士培养过程中采用这种方式，但是在实际执行过程中，经常由于校内外导师职责不清，沟通不畅，造成对于工程硕士的指导不到位，使一些工程硕士论文完成的时间延长，论文质量不高。
校内导师负责学生的培养计划制定、论文选题和指导，并对学生的学术论文质量进行把关。同时校内导师担负着对研究生的管理职责。校内导师要负责对工程硕士的论文进展进度进行监督，并对论文写作过程中遇到的问题进行指导。
企业导师在学生所在的企业，对该企业也十分了解，具有实践经验，具体解决企业实际问题的能力强。在校外指导过程中，要充分利用校外导师的这些优势。校外导师在学生进入企业后，负责对学生进行管理和学生实践、项目研究、论文选题和课程等多个环节的指导工作。
(3)建立校内外导师的沟通交流机制
目前对于校内外导师的沟通交流缺乏机制建设，导致由于双方导师的沟通交流不畅，而影响学生的创新能力和科研能力的发展。因此，必须建立有效的沟通机制。校内外导师定期举行座谈会，定期汇报等多种形式对学生的研究情况，项目参与情况与进展等进行交流。可以经常进行电话、E-mail以及及时聊天工具进行交流沟通，对研究生的实践情况进行跟踪。双方共同担负着培养学生的重要职责。而不能由于研究生去往校外实践，校内导师放任自由，而又由于校外导师的工作繁忙，疏于监管，造成研究生的实习效果低下。
(4)设立校内工程硕士导师遴选标准，改变目前对校内导师的评价标准
对校内工程硕士导师也要注重遴选，根据导师的学术研究方向、课题研究方向类型，选择注重应用型研究的导师担任工程硕士导师。对工程硕士导师的评价不能采用以往的仅以科研学术水平作为其评价标准，对工程硕士导师要制定新的标准进行评价。评价标准直接影响导师对于培养工程硕士的积极性。在对工程硕士的导师的问卷中75%的导师认为现有的评价机制会影响到其培养工程硕士的热情。学校要根据工程硕士的培养特点重新制定考核标准，最大程度激发导师参与工程硕士培养的热情。
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