工程硕士论文要求体现研究生层次和工程硕士学位的特性，并不强调一定是纯粹的学术研究，但也不能降格为实际工作的简单总结。20世纪90年代，美国麻省理工学院对工程下了一个明确的定义:“工程是关于科学知识的开发应用以及关于技术的开发应用的，在物质、经济、人力、政治、法律和文化限制内以满足社会需要的一种有创造力的专业。”该定义揭示了工程的实践本质，即两个“开发应用”(科学知识的开发应用和技术的开发应用)以及专业使命(满足社会需要)，这表明工程硕士学位论文不仅注重理论知识的掌握而且关注对理论知识的运用。因此，工程硕士的论文评价标准应重视应用价值和学术价值的综合。
要规范和坚持学位论文的评价标准，既要防止降低质量要求，又要避免回到培养学术型研究生的套路上去。要强调学位论文的工程性、实践性和实用性，工程硕士论文不同于一般的工厂技术总结，既然是硕士论文，对基础理论要有一定的要求。要能体现学生具备综合运用科学技术理论、方法与手段解决工程实际问题的能力。论文工作要有一定的技术难度、深度和先进性;论文应有解决工程实际问题的新思想、新方法，或是具有新工艺、新技术、新设计，并有良好的经济效益和社会效益。
尽管工程硕士研究生都有相当的实践经验，在企业中是一流的实干家，但对于写作学位论文仍是首次，在理论推导的严密性、计算经过的准确性、实验科学性的表述方面尚需在导师的指导下反复推敲。经导师审查修改认为满意时，在本领域二位论文评阅人进行评阅。工程硕士学位论文和科学学位的论文不同，因此其评价指标也作了相应调整，评阅人应侧重于论文中涉及的新工艺、新技术和新设计的先进性、实用性的评价，侧重于论文系统性和学术严谨性的评价，侧重于综合运用科学理论、方法和技术手段解决工程实际问题能力的评价。论文内容是否是学生白己的阐述，是否有抄袭现象，同时格式审查也要严谨，是否按要求编排等。二位评阅人必须提出具体评阅意见和是否同意答辩，二位评审人都同意答辩后，才能举行答辩仪式。总之在答辩之前必须要严格审查论文的质量，坚决杜绝达不到要求和标准的论文蒙混过关。答辩成员的选择由该领域工作领导小组确定，导师不得参加本人指导的学生的答辩工作。工程硕士答辩委员会至少应由来白全国的5}7位专家组成，成员均应具有高级技术职称。答辩委员会成员中，至少有一位工程单位的相关专家参加。论文答辩是工程硕士对其学位论文进行的高度概括，工程硕士即席回答答辩委员会就学位论文提出的各类问题。
质量保证是整个工程硕士教育的核心，高校的任务就是要把这个质量保证进一步完善起来。工程硕士的培养质量如何，要看企业对工程硕士所做贡献的满意度，看应用所学知识解决实际问题的能力。学位论文是工程硕士的知识水平、理论水平、学术水平和工作能力的综合体现，是培养工程硕士生独立从事科学研究能力的主要途径，也是衡量工程硕士专业学位质量的重要标志。
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