一、生源质量
由于多种类型的专业学位的兴起，工程硕士的生源出现不稳定，继而引发生源质量问题。第一，工程硕士的招生生源受到企业需求的制约，随着企业需求的变化，工程硕士的招生规模也随之波动，一般一个企业也只能送三到四批学员进校学习，所以学校在生源上没有什么过多的选择。第二，因为缺乏固定的生源渠道，导致培养单位不能把好招生关，招生资格审查不严，超低分录取，专业基础和综合考试不规范、不严格等，也是生源质量不高的原因之一。第三，学员入学前学历层次不齐，学科专业各不相同，有些学员离校多年，专业基础不够扎实，生源个体的差异性也较大，因此学校很难制定出一个保证培养质量的长效机制。
二、培养过程
工程硕士的培养过程不同于在校工学硕士的培养，工程硕士有其特殊的工程实践背景，一般采取“进校不离岗”的非脱产学习形式。因此，工程硕士的培养计划、培养方案、课程与教材的选择等都要充分体现工程硕士的特点。例如，缺乏针对工程特点、针对工程领域、针对企业需求的专门教材，不少学校在工程硕士教学实践中，往往沿用现有的在校工学硕士的教材，而现有的工学硕士研究生所用的教案注重理论教学、“纸上谈兵”多，结合企业实际的少，用于工程硕士教学，难度很大。而且有些教材，从理论到理论，没有结合生产实际的新工艺、新技术，针对性差，很多在现实工作中早己经淘汰的内容，还依然在课堂上出现，给学生造成“学不到东西”的印象，自然会影响工程硕士教育质量。
三、师资因素
工程硕士的授课教师是有其特殊要求，但多数工科院校长期以来采用理论研究型人才的培养模式，导致许多教师重理论、轻实践，专业面窄，知识单一，通用性差。尤其是许多青年教师科研课题少，缺乏工程实践背景经验，让他们面对来自不同厂矿企业、具有不同背景的“行家”，的确为其所难。而且随着研究生招生规模的扩大，一个导师指导的学生越来越多，导师“导而不力”现象越来越严重。
四、学位论文和学位授予程序
学位论文的水平是工程硕士培养质量的关键体现。目前，我国还没有一套完整的工程硕士学位论文评价体系，各培养单位也只能参照在校工学硕士的学位论文要求，论文的评价没能体现工程硕士特点。另外，即便有些论文的质量不高，但学校要考虑到将来的生源和各种关系，导致论文评审、答辩不够严格，影响学位授予质量。
五、管理制度
工程硕士都来自于企业的第一线，不管是在学校上课还是企业上课，工程硕士的教学管理都应与在校工学硕士有较大的不同。“进校不离岗”的工程硕士学员存在工作与学习上的一些矛盾，不少工程硕士班实行异地教学或委托外校授课，实际课堂教学时间得不到保证，出现了简化教学内容、降低要求等情况。有些学员对自己要求不严格，再加上工作比较忙，缺课现象严重。如果学校缺乏严格的学籍管理办法和规章制度，容忍这种行为滋生泛滥，势必将直接影响到工程硕士教育的声誉。
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