1)工程硕士研究生白身知识结构的欠缺

工程硕士研究生也有其白身的弱势和不足，由于当年所接受的大学教育在知识结构上与现在的存在一定的差距，儿年的工作又使某些知识遗忘，有些人知识已缺乏系统性和连续性。与应届本科毕业生相比，工程硕士研究生知识体系不够完善，表现为一般外语和数学基础偏差、计算机和信息科学知识缺乏，查阅文献速度慢等弱点。在平时的学习中，他们要达到与应届生一样的成绩需花费更多的精力。同时工程硕士研究生培养方式是进校不离岗，很难能够集中时问系统地学习。因此，建立合理的、适应工程硕士研究生特点的考试考核体系非常重要。据研究生的特点因材施教，并落实相应的论文选题。这些措施有利于提高工程硕士的培养质量。

2)工程硕士研究生教育的基础薄弱，人们在认识上还有误区

沈阳农业大学是首批工程硕士培养单位之一，在开展应用型的工程硕士教育的早期，不少人颇有微词，认为在资源有限的条件下，学校应集中力量培养学术学位研究生。应该说，在目前国家财力有限的条件下这种办学理念无可厚非。但问题的关键是少数人片面地放大这种办学理念，狭隘地认为学校只有把“研究”放在首位，大力发展与“研究”密切相关的学术型学位研究生教育，才算“正业”，而把发展应用性、职业性很强的工程硕士专业学位研究生教育算作“不务正业”。在他们看来发不发展工程硕士专业学位是学校可有可无的事情。这种认识折射在实践中，其结果必然是忽视、贬低工程硕士专业学位在学校整个研究生教育中的地位，认为工程硕士专业学位的含金量与学术型的工学硕士学位不可同日而语。因此，学校在开展工程硕士专业学位实践中存在着诸如优秀师资队伍缺乏，经费运作机制呆滞，教师上课积极性不高，硬件设施落后等诸多问题，也就不足为怪了。

尤其是论文指导和要求上，导师和专家们还没有充分认识工程硕士和工学硕士在培养要求上的异同，人们对工程硕士的要求还没有脱离工学硕士的模式，这在一定程度上阻碍了工程硕士专业学位特色的发挥。工程硕士生的培养重点还是应放在科技转化能力上，立足于应用性而不是两者得兼。因此目前继续强调认真区别工程硕士和工学硕士的异同，及时转变认识是非常重要的。

3）管理运行机制因素

沈阳农业大学在工程硕士教育方面虽然实行校院二级管理，但由于受地域和学校特色的限制，在招生工作上，往往体现为生源组织不力，优质生源不足，生源“分、散、小”，与国家当初设置工程硕士时“依托行业、部门开展工程硕士教育”的初衷相悖，以致办学成本增加，办学效益降低;在培养工作中，由于管理构架的失衡，管理制度的失范，研究生部、校外合作单位、行业部门以及校内具体办学单位的权利、义务关系的不明确，经常出现分工不明、协调不力、各白为战的局面。

同时，办学经费的分成问题是学校在工程硕士教育中遇到的一个敏感但又不可回避的现实问题。专业学位教育实行成本补偿制度，即接受教育的学生必须向学校交纳一定数量的培养费。从学生交纳的培养经费中拿出一部分用于办学成本补偿，用于改善教学条件，优化办学环境，提高教师待遇，进行培训师资，引进人才，建设精品教材，编写高水平案例库，参加交流会议等应该无可厚非的。同时更应该加大学科经费倾斜，众所周知，工程硕士培养单位依托的学科大多是应用性学科，在“有所为，有所不为”的学科建设理念支配下，学校对这些学科的投入本来就有限，如不能从交纳的培养费中拿出一部分用来作为学科发展基金，必将在一定程度上影响了培养单位的积极性，对这些学科的可持续发展能力和学校学科整体生态环境的优化有很大影响。

4）管理体制不完善

工程硕士生由于具有白身的特点，因此对他们也应该采取特殊的管理方式，而这种方式应该体现在招生、学习和研究等方面，而目前，绝大多数情况下并没有针对工程硕士生形成一套完备的培养体制。他们的培养模式基本上是参照普通研究生模式的。在培养中，只是学校主要负责研究生的学习、科研、论文等工作，企业没有很好地参与到这一过程中来。结果在工程硕士生培养中出现了一些怪现象，许多学生，尤其是那些直接从本科考取研究生的学生，学的是工程类专业，却从来没有实际参与过生产过程，最多就是在校期问生产实习时到工厂去过。除此以外，还存在着诸如高等工科院校教师队伍的不适应性、工程硕士生思想政治工作的不适应性等问题。虽然国家教育部有关文件明确规定“工程设计及其分析研究”可以作为工程硕士生学位论文的形式之一，但他们提交的学位论文仍都属于科学研究类型。

因此，我们看到，目前工程硕士生教育和社会需要之问存在着巨大反差，一方面我们培养了大量的研究生;另一方面企业却没有高层次技术人才;研究生分配越来越难，许多研究生因为专业“不对口”而另谋他就，而企业却急需一些能够解决实际问题的人才。现在，高等学校和科研机构人才短缺状况已经得到了一定的缓解，而厂矿企业、工程建设等单位高级专门人才数量严重不足、人才结构不合理、高级技术人员年龄老化，如不尽快解决这一问题，必将阻碍国民经济的顺利发展。