根据实证研究结果，合作意愿是校企合作培养工程硕士系统在合作准备阶段的主要影响因素，校企合作意愿建立的顺利与否，是校企双方合作培养工程硕士能否成功地迈出第一步的关键，也是研究系统协同发展内在机制的首要内容。其控制因素由以下几方面构成:

①选择合适的合作伙伴

校企合作培养工程硕士是一个复杂系统，在系统中不只一个高校和一个企业，而是有众多的高校和企业参与合作，且既有合作又有竞争。一个高校可以选择多个企业合作，一个企业也可以选择与多个不同的高校合作，因此，我们要研究的不是一对一的个性，而应是众多子系统之间作用的共性特征。对于高校来说，选择企业作为合作培养工程硕士的因素除了其规模和效益外，还与长期的科研合作、联系以及企业所在地理位置有关。对于企业来讲，高校的办学声誉会直接影响到企业的选择，办学声誉高的学校，企业会优先考虑与之合作。其次，企业根据高校学科特色与专业方向选择适合自身高新技术发展的合作伙伴，通过高层次人才培养和技术成果转化来提高企业核心竞争力。因此，合适的合作伙伴应通过双方工程硕士培养的合作需要和条件来进行选择。

②保证信息沟通渠道畅通

信息沟通与交流是促进校企双方了解与合作的基础，也使双方对合作的意图和目的进行清晰的认识，从而利于合作的顺利进行。信息沟通的方式应是全方位与多渠道的，既要加强校企合作培养工程硕士系统内部的信息沟通，也要重视其外部的信息沟通;既要重视有具体组织形式的信息沟通，也要重视无具体组织形式的信息沟通[[34]。如，加强校企双方高层领导的联系，在交流中提高领导对校企合作的重视程度;开展校企科研、学术等交流合作，安排高校与企业的专家互访和进行学术讲座、报告会等;充分利用高校与企业产学研管理部门的联系增进双方了解;组织高校与企业积极参与内外部的学术研讨，对合作中遇到的技术瓶颈问题进行信息提取与整合;利用网络开设相关论坛进行研讨和交流;建立网络信息数据，提高信息传递的速度和信息查询的广度。

③确定协调一致的培养目标

协调一致的培养目标，是校企合作培养工程硕士协同发展的重要条件，也是高校与企业在合作过程中的核心问题，引导与决定着双方的合作行为。作为硕士学位获得者，工程硕士与工学硕士的总体培养目标应该相同，但作为另一种规格的硕士生教育，工程硕士与工学硕士又有一定差异。工程硕士是与工程领域任职资格相联系的专业学位，更侧重于工程应用，主要为国有大中型企业培养应用型、复合型高层次技术和工程管理人才，强调学位获得者应掌握该领域坚实的理论基础和宽广的专门知识，以及解决工程问题的先进技术方法和现代化的技术手段，具有独立承担工程技术或工程管理工作的能力，具有不断改进己有生产技术、更新产品和开发新技术、新产品的创新能力，论文选题应直接来源于生产实际或具有明确生产背景与应用价值[[35]。对于不同领域的工程硕士研究生，还应针对不同工程领域制定具体的培养目标，以适应各行业对工程硕士研究生的不同需求。高校与企业应围绕这一培养目标，在工程硕士的课程设置、论文选题以及质量标准等方面与工程硕士教育的特色相结合，建立可行性与操控性强的合作培养体系。

④建立公平的利益补偿机制

校企合作培养工程硕士是一个在政府主导下的市场化的行为，高校与企业对合作结果产生的价值与利益预期会直接影响双方的合作态度。在协同合作的过程中，高校与企业均想通过协商使自己获得的利益尽可能增多，要求以在合作中贡献率高、投入大的要素获益较多，由此可能在利益分配上出现冲突。因此，在总收益中，应以一定量的价值对要素贡献较大的一方进行补偿。建立公平的利益补偿机制，有助于提高校企双方合作的成功率，也有利于协同系统的长远发展。校企合作培养工程硕士的利益补偿原则应在双方签订的合作培养协议中体现，详细规定双方在合作中应具有的责、权、利，并严格按合同要求实施，整个实施过程还应受到法律的保障和监督，以确保合作的公平性。