目前的培养过程已经有针对性的采取了不少特殊培养方式，如“进校不离岗”的学习方式，“分段学习，集中授课，分散消化”的授课方式等。尽管形式上体现出了工程硕士与工学硕士的不同，然而在内在的教学细节上却仍沿用工学硕士的培养方案，课程体系不甚合理，也未真正采用适合工程硕士的特色授课方式，仍然用通过笔试考核工程硕士的课程学习等。这此问题使得工程硕士生的培养质量不能满足企业需求，也难以真正发挥学校的培养优势。
1、工程硕士课程设置问题分析
对某高校工程硕士、MBA, EMBA的课程设置情况作对比分析。
分析看出，该高校的工程硕士课程体系方面主要存在以下问题。
第一，课程学分和学时偏少，公共必修课(包括政治、英语、数学、计算机)比例过大，专业基础课和选修课偏少
第一，课程设置不够灵话，整体选修课较少这与工程硕士课程应该具有的宽广性和综合性是不相符合的。
第三，缺乏实践应用课程和学科前沿知识获取环节。工程硕士的课程应该反映当代上程科学技术发展前沿的最新水平，强调上程领域的新技术、新材料和新上艺等的学习与实践，培养其将理论知识与上程实践相结合的能力，这样才能培养出高水平的工程硕士，从而给企业发展创新带来良好效益，改工程硕士课程设置必须加强实践环节和学科前沿知识。
2、工程硕士教学方式问题分析
EMBA培养方案明确阐述了研讨式、4.动式的教学方式:课程学习应强调理论联系实际，重点培养思维能力、决策能力和综合能力，研究我国企业管理中的深层次问题，并要求师生勺_动，促进理论与实际的结合，实现教学相氏，提高教学水平
而在工程硕士培养方案中没有对授课方式做明确详细的规划，说明在政策导向上没有提侣和规定应该采取针对工程硕士的教学方式，这使得所谓的“注重实践动手能力和解决问题的综合能力”更没有了保障，未能采取合适的教学方式，必然很难提高教学质量
3、工程硕士考核方式问题分析
为了保障专业学位硕士生的授课质量，某高校对工程硕士的数学类课程和英语进行统考，并专业学位办统一管理对这类公共课程的教学大纲、课程内容、教学要求进行统一，同时实行校内外教学点统一命题、考试与阅卷，体现出高标准、严要求然而，调查却发现学生们很担心课程统考，囚为统考过不了学分修不够，就无法顺利毕业然而他们基础差，而且学习时间非常有限，囚此，目前的统考方式也未能使得工程硕士的数学与英语能力有真正意义上的提高，还需要探索新的有效方法。
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