工程硕士专业学位教育在大众化阶段的跨越式发展中，“扩大规模”和“提高质量”、“受教育平等”和“选拔优秀”的矛盾更加突出。客观认识工程硕士教育的现状，对工程硕士教育的持续、稳定发展具有重要而深远的意义。
1、考生来源的波动性
目前，多数高校工程硕士的主要生源属于本地区或临近地区的大中型企业，招生对象主要是获得学士学位后具有2-3年以上工程实践经验的在职工程技术或工程管理人员。工程硕士的招生主要受到企业的需求制约，而各企业对工程硕士人才有一个周期性需求，随着企业需求的的波变化，招生需求将发生相应动。!‘]多数高校尤其是地方高校没有对工程硕士招生做出科学预测和控制，生源不够稳定。个别高校受到经济利益驱动，不择手段争夺生源，一些以获得学位为最终目的、不适宜作为工程硕士培养的学员被扩招进来，影响了工程硕士教育的培养质量，导致了“扩大规模”和“选拔优秀”之问的矛盾日益突出。我国工程硕士教育开展以来，一些国内知名大学尝试着通过在国内部分城市开设教学点和国际问的对外合作等方式拓展生源渠道，例如中国地质大学在各省地勘局、省有色金属总公司、黄金部队、中石化公司、地调院、大庆油田、胜利油田等较为艰苦的行业招生。但多数高校未能建立稳定的生源，生源总体质量不理想。
2、培养模式的单一化
受生源等原因影响，很多高校不能制定出切合实际的工程硕士培养方案，在师资建设、教材建设、课程建设的投入不足。现有工程硕士的课程设置不尽合理，主要表现为:内容陈旧，不能够有效地追踪学科发展的前沿;培养方式单一，教学形式缺乏活力，使用电视及互联网学习的教育网络不能作为授课过程中的一个教学辅助手段，教学方法急需改革。许多高校导师数量严重不足，非硕士导师指导工程硕士现象存在，缺乏培养硕士生能力的导师匆匆上岗，上岗后又没有进行比较系统的导师培训，加之部分导师肩负着教学、科研、行政等多项任务，投入工程硕士培养的时问和精力较少，学校与企业导师之问沟通不足，致使研究生在学习和科研工作中得不到及时的指导，学校、企业双导师制没能发挥应有的作用。单一的培养方式难以根据生源的多样化和社会需要的多元化发挥不同高校优势，形成多种教育模式的共存互补，以人才市场需求为导向、以市场运作机制为主体、以社会评价为标志的培养模式没能建立起来。
3、社会认识的边缘化
在没有充分挖掘和调动高校、企业、个人等多方面的社会资源办学的情况下，工程硕士教育的影响力比较小或者说整个社会对工程硕士的认知度还比较低，总的来说体现在以下儿个方面:
第一，对工程硕士的质量认识不全面，受到重理论轻实践、重学术轻工程技术的传统观念影响，认为工程硕士似乎天生低人一等，而GCT考试也是为那些没有能力参加研究生全国统考的人而准备的，进而对工程硕士产生偏见。
第二，工程硕士的招生具有一定的局限性，主要集中于大中型企业，在小型企业、民营企业、合资企业以及应届毕业生中影响较小。
第三，工程硕士教育质量保证体系不健全，产学研合作办学的优势没有充分显示出来，人才培养特色不明显。
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