与学科建设结合起来的工程硕士培养模式，主要就是而向国民经济主战场，直接与承担国家重大建设项目的大公司、大企业合作办学。
(1)课程设置宽口径。为适应不同建设单位的需要，多采用宽口径、复合型的课程体系和教学内容，体现多学科相互交叉、渗透、融合和综合的特点。水利工程领域设置了12门选修课，土木工程领域也设置了10门选修课，体现了学员选课的自主性。还根据建设单位不同的要求，制订灵活的“订单式”培养方案，以求学有所用。如在与交通部四航局办学时，课程设置主要偏重涉外工程建设与管理，而在与三峡总公司办学时，课程设置主要偏重水利水电工程建设与管理。
(2)具有工程特色。在要求学生掌握工程领域坚实的理论基础和宽广的专业知识的同时，更强调学生要掌握解决工程实际问题的先进技术方法和现代化的技术手段及工程管理方法。因此水利工程领域开设了《现代工程设计方法》、《工程前沿技术讲座》、《国际工程经营管理》等课程。这样才能有助于科研能力、逻辑分析能力和创新能力的培养，并提高综合能力和素质，符合国家设置工程硕士专业学位的初衷，满足建设单位的实际需求。
(3)突出在职特点。教学安排和教学实施主动体现在职的特点，授课方式体现服务理念。在建设单位总部或人数相对集中的工地上集中授课，多利用节假日体息时间安排教学。如水利工程领域在三峡工地、锦屏一级工地、拉西瓦工地等都开办过工地教学点。
(4)论文来源于工程实际。结合国家重大工程建设的规划、设计、施工和管理过程中的问题来开展论文工作，据统计，近10年来，水利工程领域92%的论文选题，土木工程87%的论文选题，船舶与海洋工程84%的论文选题都是来源于工程实际需求，具有明确的工程背景和实用价值。
根据上述培养关键环节，我院还总结出了工程硕士能力培养的基木流程和工程硕士学位论文指导流程。论文选题时要把握两个关键问题:一是要充分发挥建设单位导师和校内导师的正确指导作用，要对工程实际生产课题进行精选和提炼，以保证课题的完成既有实用价值，又能在理论上达到一定的高度;一是所选课题必须得到建设单位领导层的认可，并将课题尽可能列入建设单位的近期发展规划，这样才可能得到建设单位的人力、物力、则力的支持。
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