以应届本科毕业生为主的全日制工程硕士研究生教育，是2009年启动的新研究生培养模式。面对这个新生事物，无论是学校、导师还是学生，都对此缺乏全面的认识，各项制度和配备政策相对不完善，尚处于探索中。因此，在培养过程中，许多环节存在或多或少的问题，需要我们不断反省、思考和完善。
1.如何正确理解全日制工程硕士的内涵
在职工程硕士是在特定社会经济背景下，面向工程领域在职人员产生的培养方式，由于培养过程相对全日制工学硕士较为松散，社会上很多人都不能够正确理解专业学位的意义，广泛存在着工程硕士是低于工学硕士的错误看法。全日制工程硕士是为了更好地适应国家经济社会发展对高层次应用型人才的迫切需要，调整优化研究生教育类型结构，进一步完善研究生教育培养体系而产生的新兴事物，是非全日制工程硕士与全日制工学硕士的有机结合体。
2.如何提高全日制工程硕士的生源质量
从北航录取情况可以看出，工程硕士平均成绩普遍低于工学硕士。造成这种状况，一方面是由于社会对全日制工程硕士研究生认识不到位，另一方面，很多应届学生也感到全日制工程硕士比工学硕士“低一等”。学生们认为：全日制工程硕士作为一个新生事物，就业单位对其认可度尚是未知数，在未来的就业中未必有保障；另外，国家对工程硕士的培养不给予财政投入，全日制工程硕士也没有被纳入北航培养机制改革范围，学生入学后不能享受助学金、参与评定奖学金。很多学生感觉经济压力非常大，对全日制工程硕士的办学目标和培养质量产生怀疑。
3.如何体现全日制工程硕士的实践特色、确保其培养质量
全日制工程硕士因其应用性、实践性的特点，在培养过程中要特别重视实践环节的教学，要加强实践能力的培养，为研究生提供更多课程实践、工程实践、社会实践等亲身动手感受的机会，使他们在将知识应用于实践的过程中总结经验、发现问题、解决问题。
北航在研究生教育中始终注重课程教学与实践教学的综合运用。但是，在全日制工程硕士研究生的培养中，课程体系建设投入不足，有些课程在课程设置、授课方式、内容和教材上还在沿用学术型工程硕士的；工程实践在教学环节中体现的不够充分，教学内容与工程实际脱节，有些甚至陈旧；校内教师大多不具有较强的工程实践能力，聘请协助指导学生的校外导师和讲授专业实践课程的企业教师存在困难；用于开展实践教学的工程实践基地、进行专业实践和实习的企事业单位等等这些资源都需要大量的人力物力……如何在保证全日制工程硕士培养质量的前提下获得资源、合理应用，充分体现落实实践特色是全日制工程硕士培养工作的重点。
4.如何实现“双导师”制度
全日制工程硕士实行双导师制。企业导师与校内导师共同把握研究生的研究方向，共同确定研究生的论文选题，确保全日制工程硕士研究生的论文研究与工程实践紧密结合。首先，校内导师与校外导师各自的职责和义务很难界定；其次，校内导师长期指导学术型研究生，缺乏工程实践指导经验，即使有的导师指导过非全日制工程硕士，也难以很好地达到指导全日制工程硕士的水平；再者，校外导师大多为企事业单位的管理、技术人员，这部分人工作繁多，他们缺少足够的时间、精力、能力指导学生；最后，全日制工程硕士研究生与企业接触较少，如何确立校外导师，如何激励校外导师积极参与学生的论文指导工作等问题，都有待我们思考和完善。
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