由于发展时间不长，全日制工程硕士培养还属于我国研究生教育中的一种比较新的类型，这几年国家对其大力发展，招生数量逐年大幅增加，在如火如荼的发展形势下，由于外部环境的变化和自身的发展等原因，全日制工程硕士专业学位教育还存在着一些不适应当前经济、科技和社会发展的地方。培养质量是全日制工程硕士专业学位教育的中心，也是其健康发展的生命线，如何将没有或缺少工程经验的生源培养成为应用型的研究生是摆在培养工作中的最主要的问题。下面就以工程应用能力为主导，构建科学完善的课程结构体系。
1、以符合企业需求为第一标准
构建工程硕士合理的知识结构，首先要结合工程硕士的素质要求、思维特点，建立适合他们的课程体系。全日制工程硕士研究生，因生源中没有实践经验的应届本科生较多，因此在课程设置中，应强调专业实践和解决实际问题能力的培养，课程体系应针对工程特点和企业需求按领域设置，由过去的以“学科为中心”转变为“以工程为导向”，突出“厚基础理论，博前沿知识，重实际应用”的特点，把培养目标牵引和适应企业需求作为工程硕士课程计划应坚持的基本原则，课程设置既注重学生综合素质和创新能力的培养，又以符合企业需求为第一标准。
2、突破学科界限拓宽专业口径
全日制工程硕士领域的课程应按一级学科甚至跨一级学科来设置，以体现多学科相互交叉、渗透、融合和综合的特点。设置宽口径课程，不是简单地进行学科专业的“拼盘”，而是以某一专业为主，向邻近学科、专业拓宽，并按主体专业授予学位。拓宽培养口径的核心问题是依据学科、专业的内在联系，坚持以综合为主的原则，重新组织课程体系，着眼于为学生构建“厚基础、宽口径、重实践、高素质”的知识结构。根据相应职业岗位对人才规格和口径的要求，不仅要掌握本工程领域的基础理论知识、专业知识和各种解决问题的方法，而且要掌握跨学科领域的相关知识，强调复合性、应用性、创新性。
3、构建“模块式”课程结构体系
为了防止全日制工程硕士生成为学术型研究生的“翻版”，应围绕工程硕士研究生的职业性、实践性，将行业组织、培养单位和个人职业发展要求有机结合起来，把“模块式”课程体系作为全日制工程硕士课程设置的主要方式，构建具体职业要求所需的知识系统。要根据工程问题需要的知识和技能分模块化开展教学，可将全部课程分为基础模块、专业模块和实践模块，而把实践模块作为其中的建设重点。采用模块化课程具有如下优点：首先模块化课程体系通过整合不同学科课程来实现对学员知识、技能和素质的全面培养。其次可以灵活的增减设置课程，根据实际需要来不断的引入最新科技成果和先进技能。
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