1、专业学位在职硕士研究生教育与科学学位研究生教育之间的关系。在教学中，我们首先遇到的问题是，如何正确处理专业学位在职硕士研究生教育和其他类型学位教育之间的关系。从理论上说，他们之间的划分是明确的。专业学位在职研究生的目标定位是培养掌握某一专业（或职业）领域坚实的基础理论和宽广的专业知识，具有较强的解决实际问题能力，能够承担起专业技术或管理工作，具有良好职业素养的高层次应用型专门人才。而科学学位在职硕士研究生的定位是培养具有独立从事科学研究或教学工作能力的教学科研人才。也就是说，前者侧重于实践性，后者侧重于学术性。但在实际操作中存在的困难，主要是表现在课程设计上。以笔者所从事的税务硕士教学为例：为实现专业学位在职硕士培养高层次应用型人才的目标，我们安排了相关的税务和财务管理类具有实务性质的课程，比如税法、税收筹划、纳税评估、税务管理、税务稽查、企业财务会计等。这样一份教学课程计划似乎满足了专业学位在职硕士培养的目标定位。但是，当我们把专业学位在职硕士研究生的课程安排与本专业科学学位硕士在职研究生的课程安排进行对比的时候，发现两者之间的差异并不大，无非是专业学位教育特别强调了实习环节，规定了实习的时间长度不少于半年。会出现这样情形的原因在于，近些年来我国科学学位硕士在职研究生的培养出现了“专业化”的倾向，即科学学位硕士的培养已经不仅仅是满足科研和教学的需要，更多的是为满足就业市场对实践性人才的需要。事实上，随着在职硕士研究生招生规模的扩大，教学和科研岗位早已无法满足庞大的研究生就业需求。更为关键的是，科学学位在职硕士研究生的目标培养定位与在职博士研究生的培养目标是基本重叠的。最近几年，博士群体也在扩大，科学学位硕士在职研究生已经很难在教学和科研岗位谋得一份职位了。在这样的背景之下，为了适应市场需求，各高校在科学学位在职硕士培养过程中逐渐增加了实践性课程的比重，减少了学术性课程的比重。所以，当专业学位在职研究生被纳入到在职研究生教育主渠道以后，就产生了科学学位与专业学位在职硕士研究生教育在课程设置方面的同质化问题。

2、如何把专业学位硕士在职研究生教育与本科生教育区别开来。这看起来不是个问题，但我们在教学中也同样为此费尽脑筋。按照我国对本科生教育的目标定位，同样是培养具有一定理论基础的专业性实践人才。尽管近些年来国家一直在倡导通识教育，但事实上满足市场需求的就业导向，使得许多大学的专业课程设置技能培训的特征非常突出。这就使得本科教育与专业学位在职硕士研究生教育在目标定位上没有实质性的差别，不同之处可能在于专业学位在职研究生的层次更高一些，在教学方式和教学内容方面尽量做到有所区分。但这些都只是理论上的假定。从实际情况来看，由于种种原因，2011年各高校专业学位在职硕士研究生的招生并不理想，许多学生都是从科学学位方向调剂过来的。以笔者所在的暨南大学经济学院为例，2011年招收了五个类别的专业学位在职硕士研究生，包括金融专业硕士、国际贸易专业硕士、税务专业硕士、投资专业硕士和统计专业硕士，各专业80%以上的生源依靠从科学硕士方向调剂，有的专业甚至达到100%。而且更为关键的问题是，通过调剂补充的生源，其本科专业与专业学位所学专业大都不一致，以税务专业硕士为例，2011级入学15人，其中9人为非财税类专业，5人为非经济类专业。在绝大多数学生不具备本专业基础知识的情况下，通过仅仅只有两年时间的专业学位教育就达到高层次专业实践人才目标，这无论如何都是难以想象的，更何况按照学制安排，他们的课堂学习时间只有一年。对于那些非本专业的学生来说，在一年内能够补齐所学专业的入门知识已属不易，如果要提高层次可以说是难上加难。考虑到这样的现实情况，教学单位在课程设计上，不得不回过头来对本科阶段的知识进行讲解。因此，专业学位硕士研究生教育与本专业的本科教育很容易出现同质化的问题。