工程硕士的课题要求具有明确的生产实践性和应用性，但由于企业环境和条件的限制，有些学员根据自己的实际工作和企业的生产实践，难以找到适宜的课题，有些课题内容过于简单，不能达到一定的技术难度或工作量，有些课题企业缺少经费和实验条件保证，难以开展研究，也有些课题完成时间与论文完成时间不能一致。相对而言，大型企业，尤其是国防大型企业由于企业生产任务较多，工作技术性很强，学员的论文选题相对更容易与企业的课题相结合，与学员本身的工作相结合。
2、撰写工程硕士论文的特殊困难
(1)由于身处企业，部分学员查阅文献较少，没有或很少查阅外文资料。因此，很难把握目前国内外发展动态，了解先.进的测试方法，学员研究问题的思路和方法具有一定的局限性。
(2)学位论文基本上都满足一定的工作量要求，但在研究问题的方法上，如何将科学理论与工程实际有机地结合，运用学过的科学理论解决工程实际问题，对于一部分学员来说有一定困难;在论文的内容上，解决工程技术问题的技术难度和技术先进性应需进一步提高;在研究成果上，如何将课题研究得到的新方法、新革新运用到生产中，转变为生产力尚有一定的距离。
(3)工程项目完整性不足，工程硕士学位论文大多以工程设计、技术改造等工程项目为主，对项目的方案及设计都有较详细的介绍，但大多数学员由于时间限制，对项目的全面分析不够，后期调试工作和技术评价内容欠缺。
3、学位论文评价标准不明确
工程硕士学位论文的特点体现在研究项目具有实践性和应用性，研究成果具有先进性和实用性，解决问题的方法具有一定的理论依据和先进的实验手段，在考查学位论文时应重点考查学位论文的技术难度、先进性和工作量，考查学员解决工程技术问题的思路、方法等技术创新能力等。
工程硕士培养虽然已有近十年的实践，但在论文要求上，有时仍然摆脱不了工学硕士的影响，有时过于强调深人的科学研究、系统的理论分析和完整的研究内容，而忽视论文的技术创新和取得的社会经济效益。
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