（1）培养目标定位不明确。高校多数工学专业硕士的培养目标与学术硕士基本相同，仍然定位在理论水平和科研能力的提高上，偏离了工学专业硕士专业技术技能和实际工作能力提高的应用型人才的培养目标和方向。
（2）课程设置不合理。由于对工学专业硕士培养模式定位不准确，部分高校相同学科或方向的工学专业硕士和学术硕士课程设置相同，甚至两类研究生同班上专业课，“填鸭式”的授课方式和课程内容也一成不变。也有部分学校只是对工学专业硕士增加了很少学分的实习，但实验、设计等其他实践类课程几乎没有开设。这样就导致了理论脱离实际，学生解决实际问题的能力得不到提高。
（3）师资专业技能参差不齐，工学专业硕士导师缺乏。高校教师专业技术技能水平相差悬殊，有些教师对外服务课题多，参加过很多实际工程的设计、施工等工作，有的教师甚至是国家级或市级重大工程的评审专家，有丰富的工程经验和很高的专业技术技能。但大量年轻教师，他们刚刚走出校门，虽然有着博士学历、博士后甚至海归经历，科研能力强，也发表了很多SCI论文，却没接触过实际工程，根本谈不上工程经验和专业技术技能。因此，工学专业硕士导师缺乏现象普遍存在。
（4）考评体系不完善。目前绝大多数高校对工学专业硕士的考核体系仍然类同于学术硕士，基本上还是“三步”考评制：第一步是先修满理论课程学分，一般在30学分左右；第二步是发表1~2篇期刊论文，对期刊等级的要求不同学校、同一学校不同学院也不一致，甚至不同导师也有不同的要求。第三步是毕业论文和答辩必须通过专家审核，特别是要通过专家盲评。第一步主要考核学生基础理论知识的掌握情况，第二步和第三步目前主要考察学生的科研能力。第二和第三步中把关的导师和同行专家，他们还是按工学学术型硕士的科研标准来加以评判，而对专业技能和解决实际问题的能力考核却无任何规定和标准可循。
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