为结合新一代学员的特征和企业经营的要求，南开大学EMBA项目启动了新一轮EMBA课程改革。此次课程改革的核心首先是:商学基础课快速通过，管理专业课实现专精，通过通修课和通识课拓展性的教学，构架起学员在科学、社会及人文学科的认知体系，提升学生的综合素养。改革后的在职EMBA设置了核心课、通修课、通识课和实践课四大课程模块，以创新、融通和务实、专精为核心诉求，形成了一套严谨、开放、互动的课程体系。

其次是围绕四大课程模块，南开大学EMBA项目每年开设26门必修课程及20多门选修课程，近百门课程供学员选择就读。必修课程的设置，遵循宏观入手微观着眼的原则，帮助学员搭建并完善企业运营所需要的知识体系。课程开篇解读中国的社会经济制度变革，讲述国家政策的制定和全球经济环境的转变对于中国企业的影响；之后深入企业内部，研讨的内容从各职能部门的精细化管理到企业的发展战略的制定、投资的风险控制等，不一而足。

另外以必修课程以班级为单位，学员凭借其多元化的背景优势，形成课堂上多文化的思想碰撞与跨行业的经验分享。必修课外，为打破班级壁垒，将有着相同专业背景和研究兴趣的学员聚集在一起学习和交流，南开大学EMBA项目开设丰富多彩的选修课程。选修课中涵盖了四大课程模块中的通修课、通识课及部分实践课。为达到专精的教学目的，每年开设的选修课程达到学生实际所需学分的两倍多。