北京大学EMBA致力于追求精益求精的课程体系，2011年7月率先启动的EMBA教学改革，结合新一代学员特征和时代前瞻诉求，构建符合当前发展趋势，体现前沿理论与创新实践相结合的新EMBA教育体系，发展至今形成四大模块。

第一，核心课模块。这是北京大学EMBA构建学员管理学知识体系的基础性课程。从宏观经济学基础理论到微观经济学认识论，从管理学的哲学思想体系到决策机制，从组织方法论道流程管理，力求为学员打造扎实的理论基础，并形成管理实践的认识视角。核心课程吸收国际最前沿的管理学研究理论，始终保持了对管理学创新的敏锐度。

第二，通修课模块。这是北京大学EMBA学员在专业领域精准学习和研究的深化课程。它注重在管理实务上的教学，使专业知识可以学以致用，并对金融，法律，信息技术，供应链管理等不同领域的管理实践，做出有针对性的教学。打破班级概念，有着相同专业背景或研究兴趣的学员可以一起学习与交流。对学员的管理实战做系统性训练。通修课特别设置了海外学习的环节，拓展国际视野。

第三，通识课模块。这是北京大学EMBA最富特色的一个模块。它打破以往教学体系中以学科为基本单元的格局，邀请人文科学，社会科学与自然科学领域的知名学者，从学科架构，学科发展，到学科间的交叉与融合，学科的研究与应用等方面，解读科学奥秘，碰撞思想火花，分享研究心得，培养科学精神和人文精神，提升综合素养。

第四，实践课模块。这是北京大学EMBA学员对亲历案例的分享与讨论。将EMBA学员的企业实践与课堂教学相结合，注重对学员领导力的培养，强调管理知识的整合与提升。课程注重将教学的基础性内容与管理实践相结合，特别安排大量的企业考察与学习，并会邀请优秀企业家与学员交流互动，在脑力风暴中实现思想碰撞。