质量控制在是跨学科培养平台运行过程中全方位、全过程、前瞻性的质量保证与反馈调节系统。双证在职研究生培养的具体过程就是课程教学、科研训练和质量控制三者不断循环的过程，在这个过程中，质量控制对前两者起着持续约束、不断调整的作用。与单一学科双证在职研究生培养相比，跨学科双证在职研究生培养过程中的质量控制环节更具差异性和复杂性。因此，在跨学科组织中建立一套科学的质量控制系统对保证跨学科双证在职研究生的培养质量至关重要。跨双证在职研究生培养机制中的质量评价环节主要包含两层含义，一是对双证在职研究生学习科研情况的考核评价;二是对培养活动中所涉及的各要素运行情况的考核评价。
(1)学生质量控制
对双证在职研究生的质量评价是质量控制的核心。跨学科组织不仅应重视学生入学前的考查，还应当加强对学生学习过程的考查。加强对跨学科教学环节的考察，能保证双证在职研究生掌握不同学科的专业知识。要加强对学生知识积累和科研成果的考察，应在课程教学、科研训练和质量评价的循环过程中，根据基础知识和研究能力两个方面对学生进行打分评级，并将其作为进入下一步学习的依据。
建立严格的学位论文质量评价制度。学位论文是学生综合能力的体现，论文水平的高低综合反映了双证在职研究生培养质量的优劣。要强化双证在职研究生学位论文的过程管理，在论文开题、论文研究论文评阅和论文答辩过程中，应重点考察跨学科选题的创新性、应用价值等是否符合复合型人才培养目标的要求;严格论文评审制度，保证学位论文评审的公正性和严肃性;评审人员的选择应严格遵循研究领域相关的原则，确保评审的准确性。
(2)要素质量控制
在实施双证在职研究生教育的过程中，对培养单位中与教育相关的各要素运行情况进行考核与评价是培养质量评价体系的重要内容，考核评价的过程就是跨学科组织双证在职研究生培养活动中不断反馈调节的过程。通常情况下，跨学科组织都设有学术委员会。学术委员会在负责组织科研活动管理职责的同时，也应加强对组织内跨学科双证在职研究生培养的监督与管理，优化各双证在职研究生教育的影响因素，提高双证在职研究生培养质量。学术委员会要加强对组织成员课堂教学、学位论文指导、教书育人情况等情况的监督与考察，找出影响培养质量的因素。同时要加强组织成员间的沟通与联系，以便共同发现问题、分析问题、探讨和解决问题，保证培养目标的实现。
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