系统评价理论是将评价对象看作是一个整体，评价指标参数，评价指标权重，评价方法均按照系统最佳的方法进行操作。“系统”是评价的对象，它是由相互作用和相互依赖的若干部分组成的具有特定功能的有机整体。系统论认为，这些构成部分都是直接或间接联系的，并构成了大大小小各异的系统。通过对系统的之间和系统内部的分析，使得许多领域纷繁复杂的问题层次化、简单化，从而达到解决问题的目的。
系统的全部行为或活动可以划分为三个环节:输入过程、转化过程、输出过程。任何一个系统都是一个转化机构，它的功能和目标是把己有的资源生产转换成目标物(输出)。在职研究生学历学位双证培养质量评价应遵循系统整体性原理，既包括评价活动的结果，也包括评价活动本身，因为在职研究生双证培养体系是一个多层次、多类型、多因素影响的复杂的动态系统，对在职研究生双证培养质量进行评价也应是一个复杂的系统工程。在职研究生双证培养单位确定了培养目标，围绕培养目标，将教学人员、受教育者、教育管理人员联系在一起，组成了一个系统。以系统论的视角来分析评价在职研究生双证培养质量，可以站在更为系统宏观的角度来确定评价指标、建立评价标准、选择评价方法，这对提高在职研究生双证培养质量是极具意义的。
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