中国科学技术大学是国内最早关注并尝试MBA教育的"211"重点大学之一，早在1986年就与加拿大麦克麻斯特大学合作开展过MBA研究生项目，1997年经国务院学位办批准为MBA教育试点院校,2009年，国务院批准开办了EMBA项目，虽然都是工商管理专业，但是两者的差别还是很明显的。

(1)培养的目标不同。MBA旨在培养掌握比较系统的工商管理知识管理者;EMBA旨在培养具有战略思维的企业高层管理者，特别注重在启发的基础上将课程与学员实际经验相结合，因此更适合企业高层管理者的学习要求。

(2)报考条件不同。MBA要求报考人具有大学本科学历，一般要求有学士学位，工作满三年。单证班可以放宽至专科毕业工作满5年。EMBA要求报考人具有大学本科学历，不要求一定有学士学位，且工作满8年，其中管理经验满4年，现职企事业单位的高级管理人员。

(3)招生对象不同。MBA大学毕业三年即可报考，学员年龄普遍较小，一般在单位只承担基层管理工作。EMBA要求有八年以上工作经验，报考人一般已经成长为单位的中层以上管理者。MBA项目的学员更加青年化，EMBA项目的学员则多是大型企业的重要的管理者。

(4)教学方式不同。培养目标不同，EMBA在师资配备、培养计划、课程改进、项目收费标准等各方面也与MBA存在很大差别。EMBA项目重视实践的培养，MBA更侧重专业知识和理论。EMBA项目多开展移动课堂，海外游学，教学活动更加丰富。

在2017年之前EMBA项目和MBA项目的入学方式也是不同的，但是因为国家为了加强对工商管理硕士学位的管理所以在2016年4月特别制定的关于中国科学技术大学EMBA项目招生的新计划，计划表明，2017年开始参加EMBA项目也要开始参加1月份的全国统考，入学时间也将统一在每年的9月份，具体的招生信息则由院校发布。