为了顺应发展的需要，2002国务院批准包括年厦门大学在内的30所院校开办EMBA教育，而在此之前，1991年厦门大学就开办了MBA项目，在MBA和EMBA项目上，厦门大学都具有丰富的教学经验。

厦门大学EMBA和MBA不同主要体现在招生对象不同。MBA是为企业部门培养人才的，是培养未来的管理者，是没有工作经验或工作经验一、二年的新群体参加学习的课程。EMBA招生的对象要求有更长的工作年限和更高的职位，他们有着更加丰富的实际管理经验，且大多为公司副总经理以上的领导，是各行各业的管理精英，职位高、年龄高、收入高。

厦门大学EMBA和MBA不同主要体现在招生录取方式不同。EMBA招生由厦门大学制定考试录取办法，自行组织考试，录取标准以考生的职业成就、能力测验和面试成绩为主，是对传统招生模式(通过全国统一考试招生)的一次大突破，非常有利于选拔具有更多管理经验的人才入读。

厦门大学EMBA和MBA不同主要体现在教学模式不同。MBA的教学以理论为主，EMBA的培养方式更加灵活，在职学习，每月集中上课四天，教学方式以互动式案例教学为主，教学内容更加实用，强调课程内容的整合和战略导向，兼有MBA及高层管理教育的特点。EMBA授课特别注重提高学员的决策能力和战略管理水平，除帮助学员建立全面系统的知识结构外，还将通过大量深入的商业案例分析、实战模拟、团队合作以及实地考察等多种方式来培训学员的综合管理能力，以真正达到培养具有较强开拓创新能力和领导能力、掌握系统的现代管理知识和国际经济与技术发展的最新动态、具有国际经营战略和总揽全局的决策能力、适应国际竞争需要的企业家和高级职业经理人的目标。

厦门大学EMBA和MBA不同主要体现在教师队伍不同。MBA以理论为主要教学，教授的教育背景要求较高;EMBA教授由厦门大学以及国内其它知名院校、亚太、欧美一流大学商学院具有丰富的EMBA教育经验的知名教授，一般应同时具有博士学位、海外留学背景、管理咨询经验和EMBA教学经验，他们均是各校商学院深受MBA和EMBA学生欢迎的精英教授。