国家创新体系是政府、企业、大学、研究院所、中介机构等为了一系列共同的社会和经济目标，通过建设性的相互作用而构成的机构网络，其主要活动是启发、引进、改造与扩散新技术;创新是这个体系变化和发展的根本动力。包括知识创新系统、技术创新系统、知识传播系统以及知识应用系统。其中，“知识创新是由知识的生产、扩散和转移相关的机构和组织构成的网络系统，其核心部分是国家科研机构和教学科研型大学;技术创新系统是与技术创新全过程相关的机构和组织构成的网络系统，其核心部分是企业;知识传播系统主要指培养有专门知识和技能的人才的教育系统和职业培训系统，其主要作用是培养具有较高技能、最新知识和创新能力的人才。高校主要通过科学研究和人才培养这个接口完成与国家创新体系中其他子系统的对接。在这种对接过程中，高校培养的社会未来的创新执行主体一毕业在职博士研究生所具备的科研创新能力对国家创新体系有着重要的作用。具体表现为:
1、培养高校在职博士研究生的科研能力，有利于增强国家创新体系的原动力
位于国家创新体系基础层面的高校在职博士研究生科研能力特别是科研创新能力的提升，会因为在职博士研究生参与未来国家创新体系的不同维度、层面的创新行为，而被层层放大其创新绩效，从而增强国家创新体系的创新能力。实践表明，创新的核心资源是创新人才这个异质型人力资本，其多寡优劣决定了国家创新体系的创新绩效。高校处于国家创新体系的基础性位置，高校培养的在职博士研究生的科研创新能力一旦得以提升，则会对国家创新体系各子系统的创新在整体上产生放大效应，创新绩效被层层放大、扩散，最终对国家创新体系的创新绩效的提升产生不可估量的倍增效应。尤其是置于知识经济时代背景下国家创新体系，更加凸显高校在职博士研究生科研创新能力培养作为国家创新体系原动力的地位。
2、培养在职博士研究生的科研能力，是改善我国创新体系的重要环节
实践表明，不管是哪一个层次的创新，都具有比较明显的路径依赖特征。创新与系统绩效之间并不必然表现为线性关系，有效的创新或者说较高的创新绩效往往意味着选择了正确的初始路径，因而在以后的既定发展方向上不断得到自我强化。注重高校在职博士研究生创新能力的培育，就是选择了国家创新体系初始的正确的创新路径，因而在自我增强机制的作用下，使得国家创新体系呈现出创新的边际效益递增现象，进入互为因果、互相促进、不断优化的良性循环状态;反之，会使国家创新体系最终长期陷入恶性循环的“锁定”状态。可见，重视并培养高校在职博士研究生的科研创新能力对国家创新体系的绩效提升和演化方向具有不断扩散二阳放大的驱动作用。
综上所述，国家创新体系构成了高校在职博士研究生培养目标的新的参照系和外在的制度框架。在这种背景下，在职博士研究生科研能力特别是科研创新能力被置于比以往任何时候更高的位置。可以说，加强在职博士研究生科研能力的培养，是高校实现自己历史使命的重要方面。因此，我国在职博士研究生教育必须重视和大大加强培养在职博士研究生科研能力的工作，以确保在职博士研究生具有相当的科研能力，进而提高在职博士研究生教育质量。
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