教育在职博士面向具有丰富经验的实践工作者，对他们来说，接受在职博士教育的最大动力源于专业实践的强烈需要，解决教育实践中的困惑和问题，促进自己的专业发展。因此，实践性应当成为教育在职博士课程设置的基本原则，也应当成为区别于教育学在职博士的基本依据。教育学在职博士以原创性的学术研究为志向，其研究是分门别类，分学科设置的，因此，教育学在职博士是一种学科型的研究性学位，课程设置以学科为中心，注重学科独特的研究逻辑。教育在职博士以教育实践问题的解决为核心，这些问题是综合性的，需要多个学科的知识，不仅包括教育学内部的各个分支学科，还包括教育学之外的管理学、哲学、社会学、统计学等。因此，教育在职博士的课程内容比教育学在职博士更为宽泛。教育学在职博士的课程局限于某个学科，他们的知识有着非常清晰的学科界限。教育在职博士课程内容主要是为了他们在以后职业发展中可能遇到各种实际问题而设计的，具有综合性。教育学在职博士课程设置以学科为本位，教育在职博士以实践问题为导向，必须打破学科中心的学术导向模式，以教师职业的实践需求为依据，以教育实践中的问题为中心，构建综合性、实践性和问题性的课程结构。
全国教育专业学位指导委员会2011年颁布的《关于教育在职博士专业学位研究生培养工作的指导意见》中指出，教育在职博士专业学位课程应采用模块课程和学分制，课程总学分不少于20学分，所开设课程应包括公共课模块(不少于4学分)、教育理论模块(不少于6学分)、教育研究方法模块(不少于4学分)、教育实践研究模块(不少于6学分)。15所试点学校虽不一定完全遵循这一课程结构，但都保证了“教育实践研究”课程这一模块。全国教育专业学位委员会提出的这一课程结构，在思维方式上基本上还属于学科性的。按照理论性知识、应用型知识和实践课程的顺序排列，理论知识居前，排在最后的实践课只是理论知识的运用，是理论之后的“追思”。这一课程结构，与教育学在职博士相比，只是压缩了理论课程，增加了实践课程。我个人认为，一方面教育理论模块还有压缩的空问，甚至可以取消。教育在职博士的理论学习应该融合到问题解决之中，而不是单纯地学习理论。另一方面，教育实践研究模块的教学必须保证其应有的效果。教育实践研究应该是面向教育实践中的问题进行思考和研究，主要目的在于提高学生发现问题、分析问题和解决问题的能力。这些问题应该基于在职博士生自己的经验，是在职博士生对自己教育实践的批判性反思。教师为学生的自我反思提供理论帮助，而不是教师讲解或告诉在职博士生某一个问题的处理办法。但这一课程在实际教学过程中，由于教育在职博士和教育学在职博士的导师队伍没有分开，两者学位培养是一套人马，导师理论性有余，实践性不足，授课效果与实践课程的要求相差甚远。这就牵涉到建立专职导师队伍的问题，不展开论述。
就教育在职博士的课程结构而言，我们完全可以按照教育实践的思路，以教育行业实践和学生的专业发展需求为依据，设置微型课程研究，诸如教育公平问题、农民工子女的教育融合问题、学校文化建设问题、教学改革中的实践问题、学生行为矫正问题、卓越领导者、教师专业发展等等。将相关的教育理论和研究方法融入到对每个问题的研究之中，开发菜单式的微型实践课程，供教育在职博士根据自己的实践经验和发展需要进行选择，最终形成个性化的课程方案。
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