我国自恢复博士研究生招生以来，学位制度在不断完善，已经形成了一套相当稳定的招生人学考试制度和程序，但具体运作过程中仍有许多不完善的地方，主要表现如下：
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1、录取比率过高，生源不充足
从1991年以后我国的博士研究生招生人数大约每年以20%的速度增长，目前各个学校博士研究生的录取比例在1.5：1以内，有的专业甚至达到1：1的程度，这样的录取比率就不可避免地暴露出一些问题，不能很好地体现“择优录取、确保质量、宁缺勿滥”的原则，从根本上制约着博士研究生的发展。而博士研究生在发展数量的同时，更重要的是提高质量，在提高中求发展。
2、命题标准、选拔标准不统一，出现不公平竞争
在现行的博士研究生招生工作中，由各个招生单位自行确定人学考试科目并组织安排命题。由于命题科目涉及范围大而数量多，命题的标准，试题的侧重点、覆盖面、难易程度就难以界定；而每门专业课命题的内容覆盖面如果太窄，就会导致历年重复性命题的可能性大，难以考出学生的真实水平。另外，不同的招生单位选拔标准不同，有的招生单位为扩大规模，怕生源不多就降低命题的难度，有的甚至出现人情分，出现“考博士比考硕士容易，考硕士比考本科容易”的怪现象，导致了不公平竞争的存在。
3、生源上的“近亲繁殖”现象普遍存在
众所周知，生物之间的“近亲繁殖”将会导致物种的退化，甚至灭绝，而学术上的“近亲繁殖”则不利于开展学术争鸣，这对于人类文明的进步与发展是不利的，与现代科学技术发展不相适应。而学术上的“近亲繁殖”之所以普遍存在，有其客观原因：其一，本校学生熟悉本校的学科、导师的情况，有的考生报考的导师就是其硕士生导师，选择的目标性较强；其二，对本校考试科目的内容及重点较为熟悉，又便于找老师答疑，因而容易得高分；其三，录取工作中，对于许多导师而言，情感的祛码会自觉不自觉地倾向于自己的毕业生，从而导致本校考生录取比率较大。
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