从1996年到2006年，十一年间我国的在职博士研究生教育在总体规模上发展迅速，全国授予在职博士学位人数从5578人增加到35628人，为原来的6.39倍，年均增长率为20.4%。在总体规模迅速增长的同时，各个学科门类的结构也出现了不同程度的变化，我们以各个学科门类授予在职博士学位人数占总人数的百分比来反映学科门类的结构，数据如表1和表2所示(由于“军事学”学科门类以及专业学位授予的在职博士数量很少，表中略去了相应的数据)。
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从表1、表2中的数据可以看出，在过去的11年中，全国授予在职博士学位人数的学科结构在总量排序上的变化并不大，1996年11个学科门类的排序为(从多到少):工学、理学、医学、农学、经济学、文学、法学、管理学、历史学、哲学、教育学;2006年的排序为:工学、理学、医学、管理学、经济学、法学、文学、农学、教育学、历史学、哲学。其中，变化最为明显的是管理学，授予在职博士学位人数从第八位跃升为第四位。
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虽然学科门类的总体结构变化不是很大，但是从各个学科门类的变化趋势来看，可以把11个学科门类分为三种情况:第一种是授予在职博士学位人数所占比例上升幅度较大的学科门类，包括管理学、经济学、法学和文学等4个学科门类，它们的变化趋势如图1所示。在这四个学科门类当中，增长幅度最大的是管理学，从1996年的117人增加到2006年的2498人，为原来的21.35倍，其所占总人数比例也由1.9%迅速攀升到7.0%。
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第二种是授予在职博士学位人数所占比例下降幅度较大的学科门类，包括工学和理学，这两个学科门类的变化趋势如图2所示。工学和理学在最近十几年来所占授予在职博士学位总人数比例虽然有所下降，分别从1996年的39.4%和25.8%下降到32.7%和18.7%但这两个学科门类一直以来都是我国授予在职博士学位人数最多的两个学科门类，1996年分别为2199人和1441人，2006年分别为11643人和6669人。
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第三种是授予在职博士学位人数所占比例变动不大的学科门类，包括医学、农学、教育学、历史学和哲学等5个学科门类，其变化过程如图3所示。在这五个学科门类当中，医学的变动轨迹较为特殊，虽然从1996年到2006年，其所占授予在职博士学位总人数的比例变化很小，分别为15.2%和16.3%但是在这十几年间，它的波动较大，1999年其所占比例一度降为13.0%，而2002年又迅速回升至16.7%。值得一提的是，从总的变化趋势来看，医学所占比例在缓慢上升，而前而提到的理学在逐步下降，可以预计在未来的数年间，医学有可能超越理学成为我国的第二大学科门类。
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