在各地政治、经济、文化、人口、教育等因素非均衡发展的宏观背景下，我国高校尤其是重点高校在招生中的区域公平问题一直未能得到有效的解决。首先，在东中西部地区落差悬殊的情况下，国家重点院校的分布不均衡。以“985工程”院校为例，北京市多达8所，上海市有4所，而云南、贵州、宁夏等西部省份却没有1所。其次，重点高校在给属地投放招生比例高，如在浙江、江苏、湖北、上海等地，一些重点高校给本地投放的招生比例一度高达50%以上，个别高校甚至达到了70%属地的录取率远远高于非属地的录取比例。此外，中国是一个典型二元制结构社会，城乡教育资源的配置也极为不均衡，城镇考生进入重点高校的机率远远高于农村考生。农村学生从受教育之初就处于劣势的竞争状态，在高考的竞争中更是如此，自主招生政策的种种规定与限制又好像是为多数城市考生降低了应该跃过的高度，而绝大多数的农村考生似乎毫无捷径可走，城乡之间的巨大鸿沟仍旧无法填补。较之全国统一高考，自主招生中的区域公平问题表现更为突出，中西部和东部地区、城市与农村在升学方面的矛盾仍然没有得到根本解决。

自主招生对生源地域、学校、条件的限制有明显的城市化取向

首先，在试行自主招生的过程中，招生地区多集中在经济、教育较为发达地区的省市。如2005年华中科技大学将招生范围圈定在湖北、湖南、河南、江西等四省;同济大学锁定在上海、江苏、浙江、江西、四川、重庆、安徽、湖南、山东九省。即便是在2010年，76所自主招生试点高校中明确限定了生源所在地的仍多达24所，约占31.7%，其中华南理工大学、西安交大、北京邮电大学等六所高校对文科计划指标的投放有限定。

显然，广大西部地区和边疆地区很少或基本没有惠及，其地区歧视和地方保护之嫌不言而喻。这种做法意味着直接把其他地区的优秀学生排除在自主招生大门之外。如2009年，仅清华、北大两所高校通过自主招生就录取了2256名考生，北京地区获得清华、北大自主招生资格的学生就有326人，约占其自主招生总数的14.5%0另有数据显示，从北京市考入清华、北大的学生有近50%都有自主招生加分[[23]。自主招生的本地化取向明显。

其二，许多自主招生试点高校把选拔对象圈定在为数很少的省、市及其示范性中学，仅给予少部分考生优惠政策，明显降低了接受培养有专门知识和技能的人才的教育的公平性。如2008年湖南中南大学招生简章中就有“中南大学优秀生源基地中学推荐的学生，学业平时成绩在年级前20%，推荐名额另行通知”的条款，大连理工大学则仅仅指定了黑龙江、吉林、辽宁东北三省等等。2009年华东师范大学仅针对上海市、江苏省、浙江省三地重点中学发放优秀生推荐表。

有关方面对以上两点的解释为这是“高校为了实施自主招生，在没有办法组织全国性全面考察的情况下，必然要考虑名额如何投放，而且首先考虑的自然是良好的生源，除此之外，由于高等学校收费标准的提高，学费收入已经成为高校经济的重要支柱，因此生源属地的经济状况也必然会影响到高校招生名额的投放[[24]”诚然，就高校来说有其自身的考虑，这一点无可厚非。但是不可否认的是，名额投放的地区及学校差异造成了考生在参与自主招生机会上的不公平。在这种限制下，与农村学生相比，城市学生进入重点高校的机率明显要高;与中东部相比则西部地区的招生比例明显偏低。2009年10月21日，楚天都市报曾报道，武汉两所高校对通过自主招生录取入学的考生进行分析，结果显示农村学生的比例明显偏低。其中一所省属高校农村户口考生仅为7.3I，而华中农业大学通过自主招生录取入学的农村考生也仅占到总数的20%[2s]。即便是姓“农’，的大学，农村生源也不多，另据2010年1月13日《新京报》报道，当年通过清华初审的考生中约有3/4的学生来自城市。

经济发达城市、省市重点中学固然人才济济，但农村的广大天地同样养育着各类“偏才”、“怪才”。生源范围的限定，无疑向社会透露出“要想读好大学，先到大城市，要上重点大学，必先上重点中学”的隐含信息，无怪乎高考移民、择校之风愈演愈烈，必然形成教育不公的恶性循环。城乡二元结构长期存在的必然结果是地区间、城乡间的差距日益悬殊，农村子女与城镇子女相比，从基础教育开始，无论是就近入学，还是自行择校，他们进入省市重点学校学习的机会明显较小。高考制度实行以来重点高校在发达地区投放的招生指标就一直较之落后地区多，而自主招生仅把目光瞄准少数重点中学，自然是减少了农村落后地区本就少得可怜的招生名额，这是教育政策的非均衡化倾向在进一步在自主招生中的延续，自主招生政策和制度上的倾斜造成了优质教育在不同人群中的巨大差异。

此外，城乡学校在教育质量尤其是素质教育方面的差异也很大。城市学生有机会参加各种大型的赛事，从而获得更多进入名校的资木和机会。例如全国中小学生创新作文大赛组委会就曾专门针对高三学生组织了“2010届自主招生高校优质生源选拔赛”，大赛特等奖和一等奖获得者被纳入北大、兰大等19所重点高校自主招生测试范围。各类学科竞赛都为城市孩子在教育竞争中增加了祛码，相比之下，绝大多数农村学生几乎没有条件接受诸如文艺、体育等特长教育，而他们参加各种学科竞赛的机会也是寥寥无几，创新和实践更是缺乏必要的物质条件和技术支持。

虽然自主招生本身是在给少数人以特殊机会，但自主招生在门槛上应该首先做到机会公平，高校自主招生对地区、中学以及其他招收条件的硬性限定使众多农村学子、寒门学子则只能望之兴叹，俨然成了新的城乡二元结构。使自主招生拓宽录取空间、促进教育公平的初衷发生了颠倒性变化，不利于招生制度向科学、公平的方向转变，是与大众化培养有专门知识和技能的人才的教育的发展要求背道而驰的。