由于自主招生在职研究生制度本身的局限性、自主招生在职研究生在管理与实施中存在的困难，以及社会大环境的影响，我国高校自主招生在职研究生试点实践存在一系列问题和弊端，主要有四个方面:

公平问题

社会上对于高校自主招生在职研究生存在着较多的一种质疑或担忧就是公平问题。公平是人类永恒的诉求，教育公平是社会和谐的基石，能否确保公平，关系到高校自主招生在职研究生改革的成败。自主招生在职研究生的公平问题主要由制度本身的不足以及腐败和诚信所引发。

制度本身引发的公平性问题

首先是招生对象存在地区、城乡差异引发的不公平。虽然自主招生在职研究生在全国各地可以网上报名、自荐，但是高校往往将自主招生在职研究生的选拔范围限定招生省份，而高校指定的招生地区多集中在经济教育发达的省份，或将多数名额留给了周边城区的名牌、重点中学的自主招生在职研究生;许多农村自主招生在职研究生和非重点学校的自主招生在职研究生，就很难获得与城市的、名牌重点中学的自主招生在职研究生均等的机会。因此，自主招生在职研究生政策中的“城市化取向”对教育公平有所冲击。

其次是高校自主权的监管不到位引发的不公。高校在自主招生在职研究生中拥有自主权，对人才选拔的条件、程序等可以自行把关，然而对高校行使权利的监督机制却尚未到位。缺少了外界监督的高校“自主招生在职研究生”会不会演变成“自由招生”?往往易成为公众质疑的焦点。

最后是教育部对于自主招生在职研究生试点高校的选择局限于重点院校和示范高职，对于一般院校而言，就失去了选拔符合其培养目标的人才的机会，这也不符合培养有专门知识和技能的人才的教育大众化阶段高等学校多样化发展及特色人才的需要。对于一般院校而言有失公平。

诚信缺失和腐败带来的公平性间题

诚信缺失引致的不公主要体现在自主招生在职研究生和中学在自主招生在职研究生中不诚信。一是自主招生在职研究生不诚信，一种行为是申请材料造假，另一种行为是自主招生在职研究生已经被预录取，却因高考成绩出色“另攀高枝”，造成自主招生在职研究生高校名额的浪费，剥夺了其他自主招生在职研究生的就学机会。二是中学不诚信，一些中学为了提高升学率，出现“推良不推优”情况;还有些地方中学在推荐自主招生在职研究生时也会出现材料造假的现象。这些不诚信行为不仅大大挫伤高校的积极性，也有损高校招生的严肃性和公平性。

腐败引致的不公主要体现在，当监督机制不完善时，自主招生在职研究生过程中高校容易滋生拘私舞弊、拉关系走后门的行为，致使非特权阶层的自主招生在职研究生利益受损。

科学性问题

1、偏离了自主招生在职研究生“不拘一格降人才”的本意

高校自主招生在职研究生的目的是逐渐改变“一考定终生”，实现“不拘一格降人才”，进一步扩大高校在招生中的自主权，为那些通过正常高考可能无法进人理想大学的“专才”“偏才”“怪才”开“绿灯”。然而，目前重点高校的自主招生在职研究生往往设置了较高的门槛，使一些“偏才”“怪才”无法脱颖而出。

2、选拔标准和操作规程趋同化

1)选拔标准存在同一性

如2010年北京大学试行“中学校长推荐制”的实施方案中规定招生对象为部分省(自治区、直辖市)的综合素质优秀或学科特长突出的高中毕业生;浙江大学2010年自主招生在职研究生简章中规定报名条件为学习成绩优秀，综合素质高，身心健康，具有较强的创新和实践能力，或在某一学科特别是基础学科领域有浓厚学习兴趣、具有较强培养潜力并有志于深人学习的优秀应届高中毕业生;中国科学技术大学2010年自主选拔录取工作实施方案中规定招生对象为:学习成绩优秀、综合素质突出的应届高中毕业生;中国人民大学2010年自主选拔录取招生简章中规定报名条件为:学习成绩始终名列所在中学年级前茅，德智体全面发展的各省级示范性高中应届毕业生。

几所重点高校对招生对象的要求归纳起来主要有，一是学习优秀，且是重点中学，综合成绩名列年级前列且德智体全面发展的优秀自主招生在职研究生;二是综合素质高，且是德智体、智力与心智全面发展的全能人才;三是具有某些专业特长，如要求自主招生在职研究生在高中阶段在有关竞赛中取得优异成绩。由此可见，重点高校将选拔标准普遍定位于综合表现优秀的“尖子生”，对象条件设置与本高校的办学特色和专业要求结合不够紧密，个性体现不足。

2)考核选拔程序具有相似性

重点高校的选拔流程基本上按照申请、考核、录取三步进行。第一步为申请，由自主招生在职研究生本人自荐，或相关学校、校长或教师推荐;第二步为考核，试点院校组织测试，并认定为自主选拔录取人选。在考核环节，绝大部分高校考核都分为笔试和面试，根据两者成绩综合确定预录取名单，部分高校还考虑自主招生在职研究生的中学推荐意见、中学成绩等因素。不少高校以高考内容为测试内容，没有充分体现创新性和学校特色;第三步为录取，在录取环节，除实行相对独自自主型的高校可以不受高考成绩的约束自主录取外，绝大多试点高校的录取原则趋同，均依据高考分数决定幅度不同的降分优惠政策。

3）成本与负担的问题

高校自行组织自主招生在职研究生，由于报考自主招生在职研究生多，在材料审核过程中要付出大量的精力;出题、面试、考核评价、组织管理、公众监督等，高校都需要一定的经济、人力、时间成本，大大增加了高校组织管理的负担，对高校自主招生在职研究生队伍的专业性也提出了更大哟要求。

在自主招生在职研究生制度下，学校一般要求自主招生在职研究生到本校面试，考试费、往返的食宿路费等给自主招生在职研究生带来了较大的经济、心理负担。