在职研究生教学是培养在职研究生创新能力的基本环节，目前主要存在以下问题:
一是课程设置的不合理。在职研究生的课程设置基本上沿用的是本课程的设置方法，体现不出“研究”的内容，因此在很大程度上限制了学生扩展视野，导致学生的创新思维得不到应用的训练。二是教学模式陈旧。教学模式多为简单的灌输式，弱化了学生的动脑和动手能力的培养，使学生的创新思维受到了严重的压抑日。三是重理论研究、轻调查研究，发现现实问题的能力相对弱。四是团队合作训练太少，合作创新能力相对弱。我国高校在职研究生培养对团队训练的重要性认识不足，重视不够，多数院校未将纳入培养内容。五是学习效果评价方法单一。国内高校在职研究生学习效果评价主要分为考试和课程论文两种。这两种形式在很大程度上激发不了学生学习、研究和创新的积极性，很难挖掘他们的潜能。第六，对在职研究生论文把关不严。我国在职研究生教育中，普遍存在“严进宽出”的现象，这就造成在培养过程中管理的不科学和不严格。
要加强在职研究生创新能力培养，必须对传统的教学方式进行改革:
培养在职研究生的创新意识。培养在职研究生树立科学的世界观、方法论，以及崇尚科学、追求真理的意识和对既有知识或事物进行理性质疑的意识;还要让他们树立独立思考与独立决断的意识，这是提高他们科技创新能力的关键所在。将学生带到学科的学术前沿。一定要让学生了解本学科的最新进展、发展方向和存在的问题，只有了解研究的主攻方向，才能激发起学生探索和创新的热情。而实践证明，只有选择好合适的科研课题，才能让学生接触到学科前沿的知识，并激励他们在克服困难的过程中提高自身的创新能力。更新教学内容与改革教学模式，奠定创新基础。在职研究生课程体系与教学内容建设应该被我们视为一项长期而又复杂的系统工程，这就需要我们加强跨学科知识的学习，鼓励在职研究生更新自身学习的内容，努力获取各方面知识，在学习过程中提高自身的综合能力。提高学位论文质量，培养创新能力。学位论文水平的高低是在职研究生培养质量的重要标志，也是提高在职研究生创新能力培养的核心，是在职研究生教育的灵魂。而良好的学位论文的形成，需要有前沿性和开拓性的选题以及良好的学术氛围和研究环境，所以就需要我们狠抓在职研究生学位论文的质量，以此达到全面提高在职研究生培养质量的目的。
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