在职硕士教育的核心问题是质量。在我国在职硕士教育发展已初具规模和教育规模不断扩大的今天，如何提高在职硕士的培养质量，应更加受到重视。在职硕士的培养质量是一个多层次的指标体系，但毫无疑问，在职硕士学位论文的质量，在指标体系中举足轻重。因为学位论文是在职硕士专业素质的集中体现。学位论文质量的高低，在很大程度上反映培养质量的优劣。与在职硕士课程学习阶段不同的是在科研论文阶段，应侧重于创造性地运用所学知识，发现、提出问题，分析、研究问题，最终解决问题的能力培养，侧重于研究方法、科研能力的培养。在职硕士培养计划中要明确科研方面的硬指标，对发表学术论文的级别和数量做出明确要求，在首先抓好在职硕士论文选题的先进性和可行性的基础上，逐步进行开题报告、中期汇报、毕业论文的预答辩、论文答辩等各个环节的工作。
对在职硕士进行中期考核，建立奖励和淘汰的激励机制也是提高在职硕士培养质量的一个重要内容。课程学习成绩达不到规定要求的学生;开题报告未获通过，明显表现出缺乏科研能力的学生;政治思想和道德品质很差或严重违反校纪校规的学生应予以淘汰;学位论文达不到标准，不符合要求的在职硕士必须进行必要的完善和补充。而对于思想品德好，学习成绩优秀，在学位论文工作及论文写作、文章发表或其它科研工作中成绩优秀，科研能力强，具有优异才.能的学生将得到不同程度的奖励。
在职硕士阶段学习效果的检验不能仅仅局限于毕业前的一次学术论文，为了进一步提高在职硕士培养的质量，激发在职硕士的学习积极性，建立在职硕士中期论文制度是一个必要而有效的选择。所谓在职硕士中期论文制度就是指在职硕士在入学后的一年左右内，必须完成一篇与专业相关的学术论文。在中期筛选中，该论文是通过中期筛选关，进入学位培养阶段的必要条件之一。在职硕士中期论文制度在很大程度上能调动在职硕士的学习积极性，对全体在职硕士来说，既是一种压力，又是一种动力。不甘落后的心理和事实上存在的压力一方面促使每个在职硕士不断奋发向上，以认真、严谨的态度对待学习和科研:另一方面在在职硕士中形成良性竞争氛围，很好地促进了良好学风的形成。通过中期论文，经历一次较系统的科研能力的训练，从文献的检索到阅读，从确立选题到构思文章，从分析问题到解决问题都能得到学习和锻炼，从而为学位论文的撰写打下了较好的基础。从这层意义上说，中期论文就是学位论文的“演练”。在中期论文的创作过程中出现的问题提前得到了有效控制，这样在最后的学位论文的写作中就比较顺手，质量也会有相应程度的提高。另外，中期论文可以督促在职硕士积极有效的学习，引导和规范在职硕士的学习行为。不可否认，当前由于在职硕士价值取向的多元化，一些在职硕士并不能安心在学校里认真学习，更不用说搞科研和学术创作了。有人甚至认为整个在职硕士阶段只要对付最后那份学位论文就行了。
于是，一些在职硕士的压力似乎是减少了许多，学习的自觉性明显减少。所以，作为一种有效的管理手段，建立在职硕士中期论文制度是有必要的。从制度的角度来看，中期论文制度是带有一定的强制性的，它实现了在职硕士的筛选分流。但要想更大的发挥其作用，还必须辅之以合理的激励措施以鼓励在职硕士勤奋学习，提高科研水平。对于优秀的论文和在职硕士提出表扬和奖励，使在职硕士中期论文制度真正实现鼓励先进、鞭策落后、提高培养质量的目的。
还有一种方法就是中型论文制，这也是国外不少大学采用的方法之一。即不用作最后的硕士论文，代之以3-5篇中型论文。这样作的好处是压力分散，尤其贴近应用型在职硕士的培养要求。这也是我国在职硕士教育应该试行的一种方法。
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