尽管采取了以上措施，使在职硕士培养质量得到很大程度的提高，但是仍然存在一些不足之处，这主要表现在以下三个方面，在职研究生教育信息网老师分析如下。
一是导师对教材建设存在分歧。
赞成使用统一教材者认为，在职硕士教材将教与学规定在一定范围之内，对规范教学内容和保证教学质量有益。反对者认为统一的教材抹杀了学术的个性发展，即使有了教材也可以超越教材授课与学习，如此则教材没有实际意义。
二是学位论文选题。
在职硕士教育一般以导师的研究方向进行招生和培养，学生选择导师以及在导师研究方向范围内确立研究课题。但是经常出现学生选题偏离导师研究方向的情况，而管理制度对此又没有刚性约束。
三是学位论文的评价。
由于答辩委员会成员都是“熟人”组成，彼此拉不开情面，往往造成对论文评价偏高的情况。如能进行盲审，则能较为客观地评价论文。这些需要改进之，只有随着教育改革的不断推，在探索中逐渐完善。
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