培养模式缺乏灵活性
科研能力培养方面
据了解，我国在职硕士研究生的科研能力培养主要是通过参与导师课题来进行的，可是有的导师有课题，有的导师就没有课题，很多硕士研究生没有足够的训练来提高自身素质，同时还能看到，我国在职硕士研究生参与导师科研项目基本上都是按照导师预先设计的方案去完成任务，难以达到好的的培养效果，所以造成一些硕士研究生科研训练不充分，创新能力也不强。
招生方面
我国在职硕士研究生招生是按国家调控政策进行的，实行的是统一考试选拔，其中包括统一的试题形式和考试时间，而且统一划定了区域分数线，这种做法实际上往往将一些有专业才能和创新能力但应试能力较差的学生拒之门外。这种刻板的招生方式，难以招到特别的人才，也就很难提我国在职硕士研究生的整体水平。
课程设置方面
我国在职硕士研究生的课程设置方面的问题主要有以下两个方面：首先是课程的设置单一化，表现为设定了很多的必修课，还没有重视灵活性的课程设置，也就是说根据不同硕士研究生类型来设定不同培养目标并安排不同的课程；其次是我国在职硕士研究生培养不注重实践课的设置，例如很多专业的硕士研究生培养中都没有重视社会实践这个培养环节，培养出来的硕士研究生实践能力普遍较差。
硕士研究生学习积极性较低
据了解，我国在职硕士研究生中普遍存在这种现象，很多硕士研究生对自身的学习质量要求较低，很多没有积极参与到培养中去的想法，这是因为大多数硕士研究生都认为研究生毕业比较简单，认为只要完成课程的考试，然后完成硕士学位论文就能顺利毕业了。可以看出，也存在很多兄弟院校在硕士研究生培养上的“严进宽出”的问题，我国在职硕士研究生培养过程中尽管已经有淘汰机制的实行，但实际上被淘汰的学生还是少之又少的。
我国在职硕士研究生培养过程中的淘汰制度，对本校硕士研究生进行严格的要求，来达到激发硕士研究生自主学习积极性的目的，要严格要求就必须保证不管是在学校课程上还是硕士学位论文的审核过程中，都要有完善的考核准则。一旦有学生达不到规定的考核准则，必须实行延缓毕业或不予毕业的处理，以此来保证硕士研究生培养的质量，从准则上对硕士研究生起到督促的作用，硕士研究生自身也就会顺其自然的对培养质量更多的关注。
培养成本较高
我国在职硕士研究生培养过程中的成本相对较高，这主要是有以下几各方面的原因。
(1)教学经费投入较大
我国在职硕士研究生自主设立了科技园，科技园内有多家企业，科技园为我国在职硕士研究生提供了多种实习和见习的机会，也是硕士研究生实践环节的重要支持之一，这是教学经费投入的一个很大的方面。其次为了大力提高研究生的培养质量，我国在职硕士研究生在培养费和管理经费上投入很多，由于培养和管理经费的使用没有进行全过程的监督控制，经费使用后也没有进行有效的考核评价，这些现象的出现导致在经费使用过程中的浪费较严重，还没有完全实现应有的效果，教学经费利用率也相对低下。
(2)人力资源成本多
我国在职硕士研究生虽然近几年已经开始严格控制教职工数量，对新进人员进行严格的考核，但由于燕山大学本身的教职工系统庞大，发展到今天，已经有相当数量的冗员，而且跟大多数高校一样，教职工大多数都是只进不出，光升不降，对人力资源的安排缺乏统筹规划。其中值得一提的是，一些行政部门人员众多，工作效率较低，人力资源成本没有发挥应有的管理效果，加大了的财政负担，不利于学生培养成本的有效利用。
(3)资源使用效率低下
随着发展的脚步在不断加快，大部分在职研究生学校购置了很多高新专业设备，但由于设备管理部门普遍轻视管理的想法，导致仪器设备的利用率很低，这种闲置和浪费在一定程度上加大了培养成本支出。
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