纵观当前我国高校在职硕士教育管理，管理体制普遍不能适应在职硕士培养规模迅速扩大在职硕士教育多元化的新形势以及创建一流大学的需要，院系参与在职硕士教育管理工作的积极性、主动性和创造性未能得到充分发挥，在职硕士教育管理工作的效率和服务水平有待于进一步提高。在职研究生教育信息网老师分析当前我国高校在职硕士教育管理中存在的问题主要表现在以下几个方面。
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(一)管理意识较强，服务意识较弱
日前，我国各高校的在职硕士教育管理者的思想意识仍受传统的管理体制和计划经济体制的影响，他们人多传统管理意识较强，而与市场经济相适应的现代服务意识薄弱。主要表现在:家民意识浓厚，凡事以领导者自居，对广大在职硕士的要求视而不见，一切工作以对上级负责为标准等等。
(二)权力分配不合理，行政权力占主导地位
权力过多地集中在校级在职硕士教育管理部门，院系及导师的管理自主权较小。在职硕士院(部、处)作为学校一级的管理部门几乎集中了对学校在职硕士教育所有事务的决策权，在实际管理中过多地扮演了院系、学科、学术组织和导师的角色。这种管理模式忽视了院系、学术组织和导师在在职硕士教育方而的自主权，影响了学术权力的发挥，也抑制了其自发约束的积极性。行政权力与学术权力的协调制衡是高校管理的一项重要内容。虽然已有部分高校意识到了学术权力在学术事务管理中的重要性，并在管理实践中得到加强，但是行政权力在日前我国高校在职硕士教育管理中仍占主导地位，学术权力相对比较薄弱，学术组织的作用发挥不够，专家教授参与学校重人决策的程度较低。
(三)部分高校在职硕士的管理质量令人担忧
学位论文是在职硕士教育的重要组成部分及在职硕士教育的总结性成果，其质量直接反映了在职硕士教育的水平。学位论文质量低下的原因是多方而的，生源优劣、课程设置、导师水平以及教学管理等因素都可能影响学位论文质量。尽管许多高校实行中期分流制度、在职硕士论文外审制度、答辩时要求先期发表论文若干篇，且对发表刊物有具体要求等，但缺乏可操作的有效考核办法，常常出现无论证、无研讨、无监督和无评估的“四无”状态。
(四)考核评估力度不够，质量保障体系需完善
当前我国高校普遍未能建立有效的在职硕士教育质量监控系统，对于各院系在职硕士教育的考核评估力度不够，考核评估结果也未能很好地与资源配置有效挂钩，也不能及时对存在的差距与问题给予关注和解决。各院系对在职硕士教育的自评与自我监控积极性不足，力度也不够。在职硕士教育质量保障体系建设需要进一步完善，与在职硕士教育质量有关的各个环}J，如在职硕士生源质量保障机制、培养机制、课程建设、学科建设、创新平台建设、导师队伍建设以及管理制度等方而的质量保证措施，与建设一流人学的要求还有差距。
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