通过分析两阶段的调研报告，我们也可以看出，在职硕士课程教学在获得较好效果的同时，也存在着一些问题，具体为以下几个方面:
一、公共课程教学组织形式、教学方法巫待改善
在在职硕士普遍不欢迎政治理论课程、公共外语课程的情况下，H大学仍然在课程实施过程中坚持课堂授课的教学组织形式，教学方法也比较单调的以教师讲授为主，致使在职硕士普遍认为课程教学效果严重低下，并未达到预期的教学目标。
专业外语课程受到了在职硕士的普遍重视，却受到了极低的评价。究其原因，首先在于课程学习目标不明确且缺乏系统、成熟的教学内容(教材)，其次为授课教师责任意识淡薄且缺乏能有效提高教学效果的课堂教学方法与策略。
二、选修课程比重较小，不适应社会需求和在职硕士全面发展的需要
从1999版在职硕士培养方案中最低8学分选修课程的要求降低到2003版在职硕士培养方案中的最低6学分，H大学在职硕士培养在降低总学分要求的同时唯独降低了选修课程的学分要求，这与国内外在职硕士培养增加选修课程比重的成熟做法和趋势是相背离的，也是忽视社会需求、在职硕士教育自身变化且不尊重硕士生选择权与硕士生全面发展、个性化发展的表现，也不利于复合型、创新型人才的培养。
三、对硕士生实践能力、创新能力培养重视不够
随着就业市场对在职硕士实践能力的日益关注和在职硕士教育在建设创新型社会中地位与作用的进一步上升，在职硕士实践能力和创新能力的培养理应受到越来越高的重视。而在H大学建设研究型大学的过程中，在职硕士作为科学研究的主力军，发挥着不容忽视的重要作用，并且在在职硕士就业越来越影响培养单位招生生源的情况下，H大学必须加大在职硕士实践能力和创新能力的培养。然而，从新旧两版在职硕士培养方案我们可以看出，H大学在学术训练、教育实习或科研训练、社会实践三个方面仅仅做了3个学分的要求，这是根本不够的。而问卷统计也发现，在课程教学实践过程中在职硕士实践能力和创新能力的培养并未得到H大学足够的重视和投入:学术报告、讲座呈现“弱学术化”倾向，科研训练中硕士生从事的工作呈现低层次性化的趋势，而教育实习和社会实践更是只有一半稍多的硕士生接受了所在系所的安排。
四、缺乏对硕士生人文素质、非智力因素培养的关注
包含了政治、文化素质的人文素质，不仅对于人的发展方向具有决定性作用，而且也是改善和提高人的人力素质和人本素质的动力基础。①非智力因素则是指出智力因素以外的一切个性心理因素，包括动机、兴趣、情感、意志和性格等，在学习活动中具有干分重要的作用。②然而，无论是在H大学在职硕士培养目标的表述中还是在具体课程设置中，对于硕士生的人文素质的培养只有国家硬性规定的政治理论课之外，而对于硕士生非智力的因素更是缺乏关注，特别体现在前文所述硕士生专业兴趣的两极分化上。
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五、忽视课程教学评价
在H大学在职硕士课程教学中，一方面，部分教师存在降低教学要求、教学内容更新缓慢、教学策略运用不当的现象;另一方面，应有的课程教学评价很少进行或者明显形式化，致使教师教好教坏一个样，影响了教师改善教学的积极性，‘并最终影响了课程教学质量的提高。
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