植物保护专业主要是由植物病虫害专业发展而来的。植物保护属于农学学科门类之中的其中一个一级学科，下设3个二级学科，分别是：植物病理学、农业昆虫与害虫防治、农药学(可授农学、理学学位）。植物保护学科作为农学门类中四个与种植业有关的一级学科之一，具有明显的跨学科特色。
主要课程：普通植物病理学、普通昆虫学、农业植物病理学、农业昆虫学、农药学、植物检验检疫、植物病害流行与预测 、农业昆虫生态与预测预报
安徽农业大学植物保护专业为国家级特色专业。
檀根甲，男，博士，教授，院长
1981年9月至1985年9月，在安徽农学院植保系植保专业读书，1985年9月至1988年7月，在安徽农学院植保系植物病理学专业读硕士研究生。1988年7月至2004年7月，在安徽农业大学植保系工作，1995年12月评聘为副教授职务，1998年11月任植保系副主任，2000年12月任植保系主任，2001年8月评聘为教授职务。2004年7月至今，任安徽农业大学植物保护学院院长，2006年9月至2009年7月，在安徽农业大学森林保护专业读博士研究生，2009年7月在安徽农业大学第五次党代会上当选为党委委员。兼安徽省植物保护学会副理事长，中国植物保护学会理事，安徽省植物病理学会副理事长，现为安徽省高校中青年学术带头人、安徽省学术和技术带头人后备人选，中国植物保护学会学术带头人，中国科协植病流行学骨干。1998年被评为安徽省优秀教师， 2004年被评为全省模范教师。
具备农业生物科学、农业生态科学、生物安全及植物卫生检疫科学，农业病虫草鼠害生物学及其致害方面的基本原理和基本知识，得到各类病虫草鼠害鉴定、识别及植物卫生检验、检疫技术等方面的基本训练，具有植物病虫草鼠害监测和防治，植物病虫草害检验检疫及防治方面的基本能力。
安徽农业大学植物保护专业毕业生能够从事植物保护、农产品安全与检验、无公害农产品的农药残留安全与检验、农药加工和经营管理工作。就业于各级农业、林业部门；进出口检疫检验部门；海关部门；食品药品安全监管部门；农药生产企业；各级基层农场、林场、森林公园等。
安徽农业大学在职研究生植物保护专业培养具备植物保护科学的基本理论、基本知识和基本技能，能在植保、环保、植物检疫、植物产品卫生安全、生物安全与监督机构、大中专院校、生物科学高新企业，农药企业及农产品销售企业或相关部门和单位从事植物保护、植物检疫、农产品卫生安全检测、生物安全及有害生物风险评估，生物化学制剂工作的技术与设计，推广与开发、经营与管理、教学与科研的复合型、应用型高级专门人才。
檀根甲教授主要科研成果：
1、小麦主要病害流行规律,预测预报和防治新技术研究, 2005年省科技进步三等奖
2、青年科技奖, 2005年中国植保学会
3、稻白叶枯病、稻螟虫灾变规律及防治新技术研究，2000年省农村科技二等奖
4、水稻病害流行学的研究，2000年省级成果
5、猕猴桃溃疡病有效防治技术研究，2003年省级成果
6、蔬菜土传病害发生规律与控制技术，2009年上海市科技成果
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