根据全国EMBA教育指导委员会《关于工商管理硕士研究生培养过程的若干基本要求》的统一要求重庆大学具体的培养目标，参考20世纪80年代后期和90年代初期国外在职EMBA教学的主流课程体系来设计的，并从开办以来沿用到至今。

整个重庆大学EMBA的课程体系包括学位课、必修课和选修课三大部分，课程的总学分控制在45学，最后加上毕业论文。学位课程一共5门，包括EMBA应具备的基础知识，有自然辩证法、英语、管理经济学、组织行为学、数据模型决策；必修课一共9门，主要让EMBA学生能熟悉管理的基本理论过程和职能工作特点，掌握管理的基础原理和技能，获取一定的管理实践知识开设的课程。

这些课程是与实现重庆大学EMBA培养的总体目标的相关课程，它们构成整个课程体系的核心，也是申请学位者必须经过严格考试取得合格成绩的课程，主要包括会计学、财务管理、运营管理、营销管理、经济法、管理信息系统、人资源管理、战略管理、宏观经济；选修课一共8门，一般选修3门就能达到规定的学分，主要是在职EMBA学员根据自己的兴趣和特点，选择适业性课程能够提供更加深入的理论和实践知识，更加贴近具体的实用性和专业性，课程主要有证券投资学、税收理论与实务、国际贸易、国际金融、金融市场、企业诊断与咨询、谈判艺术、信息产业学。