工程硕士作为我国研究生培养体系中出现的一个新事物，由于其产生的时问短，招生对象特性与培养目标定位问的不一致性，尤其是作为一种独立的研究生培养类型在高校中的地位仍未得到应有的认识，加上指导教师尚未具有科学的培养观念，因此，工程硕士专业学位论文也出现了很多问题，主要表现在:
第一，尚未建立适合工程硕士专业学位论文的写作标准
工程硕士有其白己的特色，它不同于的工学硕士，也区别于非的工程硕士，正如前文所述，它是二者的有机结合体。以前，高校大多是专注于对在职人员或学术性研究生的培养，在工程硕士培养方面，经验甚少，这就容易造成培养模式趋同。培养过程趋同必然导致培养目标的差异性不大，因而会背离设置工程硕士学位的初衷。因此，应该根据工程硕士的招生对象、培养方式等方面的特性，建立适合工程硕士学位论文的写作规范和标准。通过规范学位论文的撰写，凸显专业学位的目标特色。
第二，工程硕士专业学位论文与学术性研究生论文相混淆
工程硕士学生生源是应届的本科毕业生，没有实践经验，学位论文的选题近65.7%的是偏研究型和技术应用型，仅有少部分为设计型和实验型。与学术性研究生论文特性差别不大。体现在实践上，许多高校在对工程硕士的培养方式上，也基本采用了工学硕士的培养方式，这使得工程硕士专业学位论文应侧重于实际和应用的特性模糊。调查显示，学生认为专业学位论文选题"困难"和"有点困难"的超过一半，在选题困难的原因中，反映最多的是所学理论如何与工作实际相结合。学生很难找到理论与实践的结合点;而导师以前多是指导学术性研究生，实践经验相对不足，对论文的指导也偏向于理论性。众多因素导致工程硕士专业学位论文又走向了研究性、理论性的学术性研究生论文轨道。
第三，工程硕士专业学位论文目前的评审体系仍不健全
工程硕士专业学位论文既是培养环节的重要组成部分，又是学生解决实际问题能力的体现，因此应该包括学校和企业两个方面!']。但多数高校对于工程硕士学位论文的评审，仍局限于校内导师和校内外的相关专家，比较忽视企业高级工程师对于论文评审的重要作用。这些评审导师和专家在评审论文时还没有脱离工学硕士论文的标准和指标，着眼点大多是考虑学位论文的理论深度和逻辑性，并没有太多地考虑论文的实用性和经济效益、社会效益。由于目前仍缺乏，或尚未建立科学的针对工程硕士学位论文的评审体系，评价标准的不完善，必然会导致工程硕士专业学位论文无法达到预期的质量要求。
出现上述三个问题的一个根本原因就是，没有准确地把握工程硕士的概念内涵和目标定位。目前存在着"将工程硕士等同于工学硕士，完全按照工学硕士的标准、要求来培养;没有把包括在内的工程硕士教育作为规范的研究生教育看两种倾向，同样也是由于高校、企业以及老师没有准确地把握工程硕士的概念内涵和目标定位导致的。因此，科学地把握工程硕士的概念内涵和目标定位，这是解决工程硕士学位论文存在问题的基本前提。
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