学科建设是高等院校发展的一项长期战略任务，是高等学校建设的核心，是提高工程硕士教学质量和科研水平的关键，关系到学校的办学层次、整体竞争能力。因此，学院重视学科建设，建筑工程学院成立之时仅有2个一级学科博士点，一个省部级基地都没有，经过10年建设，学院在学科建设上取得了重大成绩:① 2001年港口、海岸及近海工程成为一级学科国家重点学科。② 2002年水利工程和土木工程学科成为一级学科博士点。③ 2004年船舶与海洋工程学科成为一级学科博士点，并建成港口与海洋工程教育部重点实验室。.2006年建成水利工程仿真与安全监测教育部工程中心和土木工程结构及新材料大津市重点实验室，并且船舶与海洋结构物设计制造学科被批准为大津市重点学科。⑤ 2007年港口、海岸及近海工程顺利通过一级学科国家重点学科评估，结构工程和水利水电工程新增为一级学科国家重点学科，并且水利工程学科被批准为一级学科国家重点学科。)2008年的全国学科排名中，水利工程专业和船舶与海洋工程均排名第3，土木工程排名第7,较上次排名都有很明显的进步。
另外，近5年来学院作为第一完成单位，获国家科技进步奖一等奖6项、省部级科技进步奖一等奖13项、一等奖8项。近5年学院承担国家自然科学基金、国家科技攻关项目、"863计划”、"973计划”等各类纵向课题150余项，国家重点工程建设的横向科研课题数百项，年均科研经费4500余万元。
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