《工程硕士专业学位设置方案》中规定，工程硕士专业学位论文(设计)选题应直接来源于生产实际或者具有明确的生产背景和应用价值，可以是一个完整的工程技术项目的设计或研究课题，可以是技术攻关、技术改造专题，可以是新工艺、新设备、新材料、新产品的研制与开发。这与工程硕士专业学位的特点是一致的，工程硕士专业学位培养的是侧重于工程应用，培养的是应用型、复合型的人才。所以，论文不宜选择基础理论研究性的课题，而应具有明确的应用性、实践性。
从实践经验来看，论文题目最好是企业立项的开发课题，这样，课题的技术背景明确、经费落实，如果论文阶段正好是该项目实施期间则更好，此时论文中还可以将项目实施后的生产实际数据与技术方案预测数据进行比较，看出实施后的效果。
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如果可能的话，论文题目若能是企业立项，学校与企业合作开发的项目则是最理想的状况。论文题目可以是某一技术攻关项目，或新工艺、新材料、新产品的研制，或工程设计开发项目上进行合作，通过项目合作可以一举三得。这样的优点是能做到产学研结合，有助于调动各方的积极性。首先，对企业而言，有些研究项目本身是他们所面临的课题，通过合作，企业可以解决自己急需解决的难题。其次，对学员可以完成自己的学位论文，提高自己综合运用科学理论、方法和技术手段解决工程实际问题的能力。而对学校来说，通过项目合作，可以完成一定量的科研任务，进一步了解当前生产中急需解决的问题，使自己的科研方向始终面向经济建设主战场。
在工程硕士学位论文选题过程中，首先要对各学员所在单位欲研究的课题方向进行了解，并向学员介绍本工程领域硕士生指导教师的研究方向及专业特长，然后让学员自己选择学校的指导教师，对有些难以选择的学员，可以向他们推荐导师。导师选好后，由学员、学校导师和企业导师三方见面确定具体论文课题。
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