EMBA课程设置将草原文化、专业特色、民族特色与时代特色的有机结合在一起。在课程的设置上注重将管理理论研究与少数民族企业实践有效的结合。在EMBA的选修课程中，结合内蒙地区经济发展和企业的特色，设置了能源管理、乳业管理、草原生态环境治理等课程;在EMBA系列讲座中开设了“内蒙古经济与企业发展”、“产业与竞争分析”、“民族地区创业学”等特色课程，增加了在职EMBA学员对草原文化的了解，加深了学员们的本土化情结。

国外经典教材与内蒙古地区本土化案例的有机结合。在引进宏观经济学、微观经济学、战略管理等国外经典教材的基础上，将内蒙古地区本土的“蒙牛”、“伊利”、“小肥羊”等经典案例应用到EMBA的教学与实践中，取得了很好的教学效果;同时鼓励内蒙古大学EMBA的主讲教师和在读学生多编写内蒙古地区本土化的案例，丰富EMBA的案例教学。

内蒙古大学EMBA教育总体上不是为东部地区培养人才，它主要是为内蒙古地区经济的发展培养实用的管理型人才。就内蒙古地区的经济来说，经济的发展主要是靠电力、煤炭、金属矿产等资源拉动，随着国家西部大开发和内蒙古自治区“十二五”规划的开展，内蒙古地区的经济发展也在进行产业调整，逐步优化和提升产业结构，内蒙古大学EMBA教育应该结合内蒙古地区经济新发展的新形势，重点培养技术EMBA。利用内蒙古大学生态与环境学的学科优势，在教学过程中加入生态环境管理等选修课程和加强生态环境管理的讲座。