中国高等航海教育发轫于上海，1909年晚清邮传部上海高等实业学堂（南洋公学）船政科开创了我国高等航海教育的先河。1912年成立吴淞商船学校，1928年更名为吴淞商船专科学校。1959年交通部在沪组建上海海运学院。2004年经教育部批准更名为上海海事大学。为更好地服务上海国际航运中心建设和国家航运事业发展，根据上海市高校布局结构调整规划，2008年上海海事大学主体搬迁临港新城。2009年学校举行百年校庆系列活动。

学校设有2个博士后科研流动站（交通运输工程、电气工程），2个一级学科博士点（交通运输工程、管理科学工程），9个二级学科博士点，12个一级学科硕士学位授权点，44个二级学科硕士学位授权点，5个专业学位硕士授权点，45个本科专业，12个高职专业。拥有8个省部级重点研究基地。现有1个国家重点（培育）学科，5个国家级特色专业，9个部市级重点学科，17个上海市本科教育高地。设有水上训练中心，拥有万吨级集装箱教学实习船“育锋”轮，新造4.8万吨散货教学实习船“育明”轮。

在2004年教育部本科教学工作水平评估和2006年教育部英语专业教学评估中获得优秀。2011年，年度科技总经费达到2.7亿元，获一批国家级科研项目及部市级以上科技进步奖。

实行校院二级管理体制，现设有商船学院、交通运输学院、经济管理学院、物流工程学院（设中荷机电工程学院）、法学院、信息工程学院、外国语学院、海洋环境与工程学院、文理学院（设徐悲鸿艺术学院）、科学研究院、海洋材料科学与工程研究院等二级办学部门。在20000余名全日制学生中，有本科生17200余人，各类在校研究生2900余人。在1000余名专任教师中，有教授145名，具有博士学位的教师比例约45%。学校致力于培养国家航运业所需要的各级各类专门人才，已向全国港航企事业单位及政府部门输送了6万余名毕业生，被誉为“高级航运人才的摇篮”。

学校与境外50余所姐妹院校建立了校际交流与合作关系，开展教师交流、合作办学、合作科研、学生交换等。与联合国国际海事组织、波罗的海国际航运公会、挪威船级社等国际知名航运组织/机构建立了密切联系。自2010年起开设“国际班”，邀请美国、韩国、波兰、俄罗斯、德国等国家航海院校的学生来校学习“航海技术”、“航运管理”等专业。2011年，经教育部批准，学校与加纳中西非地区海事大学合作举办“物流管理”本科教育项目，并开始在非洲招生，这是上海市地方高校第一个颁发中国高校本科文凭的海外办学项目。2012年，学校获教育部批准正式成为“接受中国政府奖学金来华留学生院校”。