目前，一些大型认证机构为上海交通大学EMBA提供了一个统一的课程体系基准，即基础理论课程、工商管理职能课程、工具课程、人文社会学课程和管理实践课程，这成为当今美国乃至于全球通用的MBA课程体系。由于EMBA教育是在MBA教育的基础上产生的，因此课程体系也同样适用于各商学院及上海交通大学EMBA项目。

EMBA教育不同于一般学术教一育，它的学生平均职位层级高、管理经验多，工作时间长，这些企业精英对于课程的要求更高。因此在职EMBA教育质量首先要体现在贴合学生需求的课程体系的设置上。国内商学院的课程设置多脱胎于国外的课程体系，随着十多年的发展更是结合中国国情加入了些中国特色。

为此，除基本课程设置以外，国务院学位办公室也指出各高校可根据本校教学资源和EMBA学员的实际情况，因此，可具体制订符合上海交通大学EMBA教育项目的课程体系。由此可见，学位办在进行EMBA教育课程体系设计时也是注重实践性与理论知识的充分结合。