湖南农业大学开设博士专业的学院，主要有生物科学技术学院、商学院、水利与土木工程学院、信息与智能科学技术学院、环境与生态学院、资源学院、食品科学技术学院、农学院等。
湖南农业大学2023年预计招收博士研究生180名，最终招生名额以教育部下达为准。主要招生专业有生物学、农林经济管理、农业工程、生态学、农业资源与环境、园艺学、畜牧学、作物学等。
湖南农业大学在职博士实行"申请考核制"。申请考核指由考生个人提出申请，提交相关材料，通过初审、综合考核，按照择优录取原则进行录取的招考方式。
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