上海交通大学招收在职博士的院系有：船舶海洋与建筑工程学院、机械与动力工程学院、电子信息与电气工程学院、材料科学与工程学院、生物医学工程学院、化学化工学院、国际与公共事务学院、环境科学与工程学院、凯原法学院、克思主义学院、航空航天学院、设计学院、智慧能源创新学院。
报考上海交通大学在职博士招生专业有：土木水利（船舶与海洋工程方向、土木工程方向）、交通运输、机械、能源动力、电子信息、电气工程、材料与化工、电子信息（生物医学工程方向）、生物与医药（生物与纳米生物材料方向）、公共管理、法学、马克思主义理论、能源动力、电气工程。
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