皖南医学院开设研究生的学院，主要有临床医学院、麻醉学院、医学影像学院、法医学院、口腔医学院、护理学院、药学院、人文与管理学院、公共卫生学院等。
2023年皖南医学院拟招收硕士生647人（其中学术学位184人、专业学位463人），最终招生人数将根据国家正式下达规模数和实际生源情况作相应调整。
皖南医学院非全日制研究生通过全国联考之后，成绩合格的就可以参加复试，复试由学校老师组织，考查学员的综合能力。入学考核与全日制考研一样，录取标准也一样所以报考难度比较大。
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