新疆财经大学EMBA课程的学习方式属于在职学习，采用阶段性集中学习的方式，实行学分制。学习时间一般为两年，在职EMBA申请人自通过资格审查之日起，须在4年内通过学位授予单位的全部课程考试和国家组织的水平考试；否则资格作废，需要重新申请。

新疆财经大学EMBA学制一般为两年，非脱产学习，每个月集中授课一次，集中授课时间为每次32个单元（通常会安排在月中周四、五、六、日），每个单元为4节课，每节课45分钟；所有课程均采用集中时间授课的方式。课程学习期间，根据课程设置将为学员安排两周的国外学习。EMBA实行弹性学分制，课程总学分不少于32分，学员在职学习其中课程约16个月，论文6个月。

新疆财经大学EMBA课程分为基本原则是在遵循EMBA培养的一般规律并保持区域特色的基础上，充分结合本土企业的管理实践，力求体现本校优势学科特色。本校EMBA课程分为必修课和选修课两个模块。必修课分为社会主义经济理论与实践、商务英语与沟通、管理经济学、会计学、公司财务管理、营销管理、战略管理、组织行为学、人力资源管理、运营管理10门。选修课（根据社会、经济发展的需求适时调整）分为企业社会责任与商业伦理、数量分析与管理决策、微观经济学、宏观经济学、信息管理、国际金融、商法、企业并购、资本运作与税收筹划、投融资研究、财务报告分析、管理沟通与谈判艺术、领导学、金融工程等以及各类学术讲座。最后，当学习完课程以后，修满学分，毕业论文通过后就会获得国家承认的，由院校颁发EMBA硕士学位证书。