在学习课程管理中，云南大学EMBA使用成文的、系统的流程设置、监督、评估、修改学位课程内容与教授方式，评估课程对学习的影响。EMBA课程管理要求使用系统的流程管理课程体系，但并不要求特定的课程一定要出现在课程体系中。

通过在职EMBA系统化课程体系管理过程使本科生掌握一般知识与技能，包括:沟通能力、道德理解与理性思维能力、分析技能、信息技术使用、多文化与多样性理解、反省思考技能等；通过系统的课程管理过程使本科生和硕士研究生掌握特定的管理知识与技能，包括:在组织与社会中的道德理解与法律职责，财务理论、财务分析、财务报告、和金融市场，

此外云南大学EMBA也通过商品、服务与信息的整合生产与分销创造价值、组织中个体与群体的权变性、组织决策制定过程中的统计数据分析与管理科学、信息技术对经济组织的流程结构以及管理的角色与管理技术的影响、组织的国内环境与全球环境、学院要求的其他特定管理知识与技能。