合作教育是在职研究生培养模式改革的必然选择，它对学校研究生工作和有关在职研究生教育政策有着重大影响，要完善合作教育，不仅需要改革相关政策制度，突破一些传统的条条框框，而且还需要有相应的学科条件作支撑，包括研究生专业研究方向的调整、招生计划指标的安排、课程设置与要求的改革、教学设施平台的配备与更新、导师队伍的遴选与配备，等等。与此同时，合作教育对于工业企业也提出了相应的学科建设要求。诚然.企业不可能像大学那样去规划所谓的学科专业，配备专门的导师，建设专门的研究平台，但在合作教育中，相关企业必须根据合作教育的任务与要求，提供相应的人才培养条件。尤其是在以企业为基地的合作教育中，企业的学科建设水平直接制约着合作教育的质量与发展前景。为此，研究型大学可以通过与企业签订合作教育协议书，以合法途径规范合作双方的权利、责任与义务，确保合作教育所需各项条件达到要求。
合作教育制度化是在职研究生教育新形式得以持久发挥其作用的有力保证。从已有的实践经验看，合作大学与企业通过共建研究机构，以设立专研究机构为合作平台，加强学科条件建设和教育基础建设，有利于较好地保证合作教育的开展。例如，华中科技大学图像识别与人工智能研究所与中国航天图像识别技术研究所、教育部图像识别与人工智能开放实验室合作共建，在在职研究生培养和科学研究领域开展广泛的合作;该校水电学院与湖北清江水电公司共建了亚洲最大、技术最先进的水电能源综合仿真研究中心，使水电学科研究生合作教育拥有了优越的平台。
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