(一)政策法规不完善，操作性不强
《教育部关于当前中外合作办学若干问题的意见》提出要求:中外合作办学项目所引进的外方课程和专业核心课程应当占中外合作办学项目全部课程和核心课程的三分之一以上，外国教育机构教师担负的专业核心课程的门数和教学时数应当占中外合作办学项目全部课程和全部教学时数的三分之一以上。①但实际上，由于中外学分体制、课程体系、课程门数不同，对于课程门数和教学时数要求三分之一以上的界定显得太过笼统，可操作性不强。再者，本科层次和在职研究生层次的课程门数要学时要求应体现不同层次的特点，不能一概而论，比如，中外合作办学在职研究生教育注重学术水平和研究能力的培养，对于核心课程的要求可能更高，三分之一可能不能满足中外合作办学在职研究生教育的培养需要。
(二)教育质量监管体制不健全
当前，我国对中外合作办学的举办和实施制定了较为严格的审批制度，对中外合作办学也制定了较体系的评估方案。但是，目前中外合作办学教育质量监管方面仍存在“重审批，轻管理”的问题，缺乏健全的教育质量监管体制，对中外合作办学的评估只能给出合格、有条件合格、不合格三种结果，对人才培养中课程实施过程缺乏相应的管理和评估，所以不能有效的反应办学机构或项目的实际办学水平。
(三)多头管理
《中外合作办学条例》规定，实施本科及以上获得学习经历文凭的教育实施本科及以上获得学习经历文凭的教育的中外合作办学应先向所在省政府与教育厅或高校所属的国务院主管部门申请，后上报教育部进行审批，之后向国务院学位办申请颁发学位教育的许可，此外，若颁发的是外国教育机构的学历、学位证书，则外方学位证书要由我国教育部留学服务中心来认证。①这种管理呈现多头管理的特点，不仅消耗大量时间，且效率低下，影响中外合作办学的办学进度。
(四)学校内部管理不顺畅
中外合作办学在职研究生教育机构主要实行的是通过设立管理委员会，对学校进行管理，呈现出一些问题。比如，很多中外合作办学在职研究生教育机构的管理委员会是与所属的高校及相关部门进行联合管理，很多甚至在行政管理方面服从高校及相关部门，受制于合作高校中方院校的内部管理制度，缺乏独立的办学自主权和财政管理权，造成办学中的很多不便。此外，尽管《中外合作办学条例》有规定合作办学机构或项目的日常行政管理和教学管理要与外方高校进行联合管理或沟通协调，但在实际运行中，有些中外合作办学机构或项目主要由中方高校进行管理，外方高校很少或根本不理会管理事宜。
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