在职研究生教育信息网老师分析虽然以前实践在一定程度上突破了历史形成的传统、单一的培养模式，初步建立了具有中国特色的同等学力在职研究生教育制度，但存在的问题仍然不容忽视。
1、专业覆盖面偏窄，学术型相对应用型同等学力在职研究生的比例过高
目前，我国正处于经济社会发展的转型时期，职业划分精细化程度越来越高，新兴职业的大量涌现，对高级应用型人才的需求缺口也日益扩大。目前，我国设立的19个以培养高级应用型人才为目标的专业学位共涉及124个培养方向，尽管这样的发展速度相对我国的同等学力在职研究生教育历史来说相当可观，但与中国经济发展对人才的需求相比仍然存在差距。
与应用型培养规模相关的另一个问题是培养结构的问题，目前，我国的同等学力在职研究生年招生规模在40万人左右，但专业学位在培养总量中仅占硕士学位的10%，而在许多专业学位教育起步较早的英美等西方很国家这一比例可以达到50%以上;
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2、有类无异，课程安排不尽合理
专业学位教育是在传统的学术型教育基础上衍生出来的，虽然起步于20年前，但其规模化发展的历史还不到10年，招生规模的扩张与教育资源扩张无法同步导致了许多招生单位在设定专业学位同等学力在职研究生培养方案时只是对某些课程和培养环节进行了细枝末节的修改，这样的做法节约了教育成本，但却对专业学位教育的发展埋下了隐患。据调查，多数学校将政治理论课列为学术型同等学力在职研究生的公共必修课，对应用型同等学力在职研究生则没有此方面的硬性要求，而在专业课程的设置上二者的重复率则在90%以上。在课程学习和科学研究相结合的培养方式仍然占据主导地位的大背景下，名义上是专业学位硕士，整个培养模式仍然是理论性强、实践性弱的“重学轻术”路线，应用型在职研究生的培养特色也逐渐沦为入学形式和修业年限等形式上的差别。
3、培养乏力，应用能力培养成为分类教育的软肋
应用型同等学力在职研究生教育的培养目标是职业人才，因此，专业学位在职研究生不需要对某门学科进行深入的理论学习，而在与职业需求相关的实践能力方面则要达到融会贯通、游刃有余的程度。高等院校以学院派的理论研究见长，对实践研究却是门外汉，在教育系统开放不充分的条件下培养过程一般由招生单位独立完成，“学院派”与“实践派”之问资源整合的可能微乎其微，加之授课形式和教材讲义老化陈旧，直接导致了教学内容与社会实际的严重脱节。
4、评价机制缺位，专业学位培养质量堪忧
在专业学位培养过程中，普遍缺乏科学有效的约束和质量监督机制，修业期问也不存在中途淘汰现象，对培养质量的控制落在了学位论文一个环节上，在生师比高，教育资源缺乏的现实状况下，导师对学位论文的监控能力又极为有限，而专业学位教育的生源又以在职或有相关职业背景的人员为主体，他们中的大多数属于收入稳定又有学位需求的人，也有人将攻读专业学位看作升职的敲门砖，求学态度极不严肃。这样的现实导致了，专业学位同等学力在职研究生的学习主动性差，学位论文的写作质量不高，成为学术造假和学术不端行为的重灾区。
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